Dr. Devon Radford, PhD

Image Devon Radford
Computational Biologist

Le docteur Devon Radford est biologiste computationnel au laboratoire du docteur Wen Chen au Centre de recherche et de développement d'Ottawa (ORDC), Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC). Il est spécialisé en virologie, bioinformatique, biodiversité et santé environnementale. Son laboratoire se concentre sur la recherche sur le phytomicrobiome basée sur la (méta)génomique, abordant des questions sur la biovigilance des phytopathogènes, la résilience des agroécosystèmes et les impacts environnementaux.

Recherche et / ou projets en cours

Le laboratoire utilise et développe des approches intégrées d'omiques et de bioinformatique pour répondre aux questions sur la découverte de la biodiversité microbienne, la biovigilance phytopathogène, la durabilité et la résilience des agroécosystèmes, ainsi que les impacts environnementaux de la production agricole.

Énoncés de recherches/projets

  • Recherche sur le microbiome agricole
  • Développement d'outils de bioinformatique
  • Surveillance et modélisation d'origine alimentaire et phytopathogène axées sur la génomique et la métagénomique tout au long de la chaîne de valeur de l'agriculture et de l'agroalimentaire
  • Exploiter le phytomicrobiome pour une gestion durable des maladies des plantes
  • Exploiter le virome et le protéome viral pour améliorer la sécurité alimentaire et la production alimentaire durables
  • Biosurveillance des écosystèmes basée sur la métagénomique

Activités professionnelles / intérêts

  • Le laboratoire offre des possibilités de recherche aux boursiers invités, aux étudiants de doctorat, à la maîtrise et aux étudiants spécialisés avec une majeure en biologie, bioinformatique/biologie computationnelle, biostatistique, biologie moléculaire et/ou domaines connexes.

Prix et études

doctorat Génétique moléculaire, Université de Toronto, ON, Canada (2010-2014), Thèse : "Comprendre les Encapsulines : Prédiction & Caractérisation de Phage Capsid-like Nanocompartiments chez les procaryotes. [soutenu le 12 décembre 2014] (Fort accent mis sur la biologie computationnelle et bioinformatique)

Maîtrise ès sciences en génétique moléculaire, Université de Toronto, ON, Canada (2008-2010 [transféré au doctorat])

Baccalauréat ès sciences spécialisé Biologie moléculaire et génétique, mineure : informatique et systèmes d'information, Université de Guelph, Ontario, Canada (2004-2008)

Expérience et / ou de travail international

  • AAC - USDA : Collaboration sur le génotypage et la surveillance des agents phytopathogènes à haut risque
  • Université de Guelph - AB Vista (postdoc) : Collaboration sur la virologie de la métagénomique des ruminants
  • Université de Guelph - Novus International (postdoc) : Collaboration sur les tests et la validation d'un nouvel antimicrobien pour les aliments crus pour chats
  • AAC - ETH Zurich (postdoc): Collaboration sur les applications de virus de Listeria pour le contrôle des pathogènes d'origine alimentaire
  • AAC - Université de Guelph (postdoc) : Collaboration sur les applications de virus et de protéines virales pour le contrôle des pathogènes d'origine alimentaire, et études multiomiques sur les mécanismes de résistance aux antimicrobiens
  • Université de Toronto - Université de Californie, Berkeley - Lawrence Berkeley National Laboratory (PhD) : découverte collaborative et caractérisation d'une nouvelle famille de nanocompartiments procaryotes impliqués dans le métabolisme du soufre

Key publications

Thèse de Doctorat:
Radford, D. (2014). Understanding the Encapsulins: Prediction & Characterization of Phage Capsid-like Nanocompartments in Prokaryotes. Advis. A.R. Davidson & J. Parkinson. Dept. of Molecular Genetics, Faculty of Medicine, University of Toronto, Toronto, Ontario, Canada [defended Dec 12, 2014]

 

Chapitres de livres:
Davidson, A., Cardarelli, L., Pell, L., Radford, D. & Maxwell, K. (2012). Tail machines of bacteriophages: Long non-contractile tails. In "Viral Molecular Machines." Advances in Experimental Medicine & Biology, 726:115-42. Eds. Rossmann, M.G. & Rao, V.B. doi: 10.1007/978-1-4614-0980-9_6.

 

Revues à comité de lecture:  
Nichols, R., LaFrance, B., Phillips, N., Radford, D., Oltrogge, L., Valentin-Alvarado, L., Bischoff, A., Nogales, E., & Savage, D. (2021) Discovery and characterization of a novel family of prokaryotic nanocompartments involved in sulfur metabolism. eLife 2021;10:e59288 doi: 10.7554/eLife.59288 .

Owens, T.G., King, B.A., Radford, D.R., Strange, P., Arvaj, L., Pezzali, J.G., Edwards, A.M., Ganesh, D., DeVries, T.J., McBride, B.W., Balamurugan, S., and Shoveller, A.K (2021). Use of 2-hydroxy-4-(methylthio)-butanoic acid (HMTBa) to inhibit Salmonella and Listeria in raw meat for feline diets and palatability in domestic cats. Journal of Animal Science. (In Review)

Chen, W., Radford, D., & Hambleton, S. (2021). Towards improved recovery efficiency and identification accuracy of rust fungal pathogens in environmental samples using metabarcoding approach. Phytopathology (In Press) Published Online:12 Aug 2021https://doi.org/10.1094/PHYTO-01-21-0020-R

Shannon, R., Radford, D. & Balamurugan, S. (2019). Impacts of food matrix on bacteriophage and endolysin antimicrobial efficacy and performance. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 18:1-10.doi: 10.1080/10408398.2019.1584874

Radford, D., Hare, K., Penner, G. & Wood, K. (2018). PSXII-10 Providing excess metabolizable protein prior to calving shifts the protein composition of colostrum and early post-colostrum serum proteomic profiles in neonatal beef calves. J. Animal Science 96(suppl_3): 264, https://doi.org/10.1093/jas/sky404.579

Radford, D., Strange, P., Lepp, D., Hernandez, M., Rehman, A., Balamurugan, S. & Diarra, M. (2018). Genomic and Proteomic Analyses of Salmonella enterica Serovar Enteritidis Identifying Mechanisms of Induced de novo Tolerance to Ceftiofur. Frontiers in Microbiology 9: 2123.

Radford, D., Leon-Velarde, C.G., Chen, S., Oskouei, A. & Balamurugan, S. (2018). Draft genome sequences of two novel Salmonella enterica subsp. enterica strains isolated from low-moisture foods, with applications in food safety research. Genome Announcements. 6 (13): e00183-18

Ahmadi, H., Radford, D., Kropinski, A., Lim, L-T. & Balamurugan, S. (2017). Thermal-stability and reconstitution ability of Listeria phages P100 & A511. Front. Microb. Virology. 8:2375 doi: 10.3389/fmicb.2017.02375. Epub 2017 December 5.

Radford, D., Guild, B., Strange, P., Ahmed, R., Lim, L. & Balamurugan, S. (2017). Characterization of Antimicrobial Properties of Salmonella Phage Felix O1 & Listeria phage A511 Embedded in Xanthan Coatings on Poly(lactic acid) Films. Food Micro.66:117-128. doi: 10.1016/j.fm.2017.04.015. Epub 2017 May 3.

Radford, D., Ahmadi, H., Leon-Velarde, C. & Balamurugan, S. (2016). Propagation method for persistent high yield of diverse Listeria phages on permissive hosts at refrigeration temperatures. Res. Microbiol. 167(8):685-691. doi: 10.1016/j.resmic.2016.05.010.

Waller, A., Hug, L., Mo, K., Radford, D., Maxwell, K. & Edwards, E. (2012). Transcriptional analysis of a Dehalococcoides-containing microbial consortium reveals prophage activation. App. Env. Micro. 78(4): 1178-1186.

Mathur, J., Radhamony, R., Sinclair, A., Donoso, A., Dunn, N., Roach, E., Radford, D., Mohaghegh, S., Logan, D., Kokolic, K. & Mathur, N. (2010) mEosFP-based green-to-red photoconvertible subcellular probes for plants. Plant Phys. 154, 1573-1587.

Cardarelli, L., Lam, R., Tuite, A., Baker, L., Sadowski, P., Radford, D., Rubinstein, J., Chirgadze, N., Maxwell, K. & Davidson, A. (2009) The crystal structure of bacteriophage HK97 gp6: Defining a large family of head-tail connector proteins. J. Mol. Biol. 395, 754-768.

Odongo, N., Greenwood, S., Or-Rashid, M., Radford, D., AlZahal, O., Shoveller, A., Lindiger, M., Matthews, J. & McBride, B. (2009).Effects of nutritionally induced metabolic acidosis with or without glutamine infusion on acid-base balance, plasma amino acids & plasma non-esterified fatty acids in sheep. J. Anim. Sci. 87, 1077-1084.

Odongo, N., Greenwood, S., Or-Rashid, M., Radford, D., AlZahal, O., Shoveller, A., Lindiger, M., Matthews, J. & McBride, B. (2009). Impact of nutritionally induced metabolic acidosis & glutamine infusion on acid-base, plasma amino acid & plasma non-esterified fatty acids in sheep. Canadian J. Anim. Sci. 89 (1): 140.

Makhijani, R.M., Wight, C.A., Radford, D., Kajenthira, A., Papineau, E., Raizada, M.N. (2007). http://www.maizelink.org A searchable database linking maize experts from around the world. Maize Genetics Newsletter 81:2.

Procédures d'utilisation normalisées:
Radford, D. and Balamurugan, S. (2017). Isolation, expression and purification of bacteriophage endolysins for applications in food microbiology. Prepared for GRDC Biosafety Manual, Agriculture and Agri-Food Canada.