L’analyse génomique comparative d’Erwinia amylovora apporte de nouvelles connaissances sur la structure phylogénétique, la diversité des plasmides et la résistance à la streptomycine

© 2020 Erwinia amylovora est un pathogène destructeur des plantes appartenant à la famille des rosacées et est une source de préoccupation économique dans le monde entier. Nous décrivons ici 93 nouveaux génomes d’E. amylovora provenant d’Amérique du Nord, d’Europe, de la Méditerranée et de la Nouvelle-Zélande. Ces nouvelles données génomiques démontrent l’existence de trois principaux clades d’E. amylovora pouvant infecter les Amygdaloideae (pommier et poirier) et donnent à penser que les trois clades ont évolué de façon indépendente à partir de l’Amérique du Nord. Le séquençage complet a également permis d’identifier et de confirmer la présence de 7 nouveaux plasmides dont la taille allait de 2,9 à 34,7 kpb. Bien que la fonction des nouveaux plasmides soit inconnue, les plasmides pEAR27, pEAR28 et pEAR35 codaient pour les systèmes de sécrétion de type IV. Il a déjà été établi que la paire de gènes strA-strB et la mutation ponctuelle K43R au codon 43 du gène rpsL confèrent une résistance à la streptomycine. Parmi les isolats séquencés, la résistance à la streptomycine liée au gène rpsL était la plus courante et la plus fréquente pour ce qui est du clade de l’ouest de l’Amérique du Nord.