Recherche et / ou projets en cours

Évaluation du potentiel d’endophytes fongiques comme moyen de lutte contre des maladies du bleuet en corymbe et de la vigne

Utilisation de la cryothérapie sur la vigne comme traitement antiviral

Isolation et identification moléculaire d’agents causals de la pourriture bactérienne de l’oignon

Rôle des pathogènes des racines (nématodes) dans les infections virales

Identification moléculaire de pathogènes des racines des fraisiers

Identification moléculaire de pathogènes fongiques des bleuets

Caractérisation des effecteurs d’Erwinia amylovowa, agent causal de la brûlure bactérienne

pathogen Erwinia amylovowa

PEER-REVIEWED PUBLICATIONS

  1. Ana Priscilla Montenegro Alonso, Shawkat Ali, Xiao Song, Rob Linning and Guus Bakkeren (2020) UhAVR1, an HR-triggering avirulence effector of Ustilago hordei, is secreted viathe ER-Golgi pathway to the cytosol of barley coleoptile cells and contributes to virulence early in infection. J. Fungi, 6, 178; doi:10.3390/jof6030178.

  2. Michael Parcey, Steven Gayder, Vivian Morley-Senkler, Guus Bakkeren, José Ramón Úrbez-Torres, Shawkat Ali, Alan J Castle, Antonet M Svircev (2020). Comparative genomic analysis of Erwinia amylovora reveals novel insights in phylogenetic arrangement, plasmid diversity, and streptomycin resistance,Genomics, 112, Issue 5, 3762-3772, Doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.04.001.

  3. Sudarsana Poojari, Debra L. Moreau, Dieter Kahl, Mark Ritchie, Shawkat Ali & José Ramon Úrbez-Torres (2020). Disease incidence and genetic variability of economically important grapevine viruses in Nova Scotia, DOI: 10.1080/07060661.2020.1730443.

  4. Shawkat Ali, Willy Renderos, Eric Bevis, Joan Hebb & Pervaiz A. Abbasi (2020) Diaporthe eres causes stem cankers and death of young apple rootstocks in Canada, Canadian Journal of Plant Pathology, 42:2, 218-227, DOI: 10.1080/07060661.2019.1653377.

  5. Pervaiz A. Abbasi, Shawkat Ali, Gordon Braun, Eric Bevis & Sherry Fillmore (2019). Reducing apple scab and frogeye or black rot infections with salicylic acid or its analogue on field-established apple trees. Can. J. Plant Pathol. 41:3, 345-354, DOI: 10.1080/07060661.2019.1610070.

  6. Alshareef NO, Wang JY, Ali S, Al-Babili S, Tester M and Schmöckel SM. (2019). Overexpression of the NAC transcription factor JUNGBRUNNEN1 (JUB1) increases salinity tolerance in tomato. Plant Physiol Biochem. 2019 Jul;140:113-121. doi: 10.1016/j.plaphy.2019.04.038.

  7. Syed Haleem Shah, Yoseline Angel, Rasmus Houborg, Shawkat Ali and Matthew McCabe (2019). A Random Forest Machine Learning Approach for the Retrieval of Leaf Chlorophyll Content in Wheat. Remote Sens. 2019, 11(8), 920; Doi.org/10.3390/rs11080920.

  8. Paul A. Wiersma, Deniz Erogul, Shawkat Ali (2018). DNA fingerprinting of closely related cultivars of sweet cherry (Prunus avium). J. Amer. Soc. Hort. Sci. 143(4):282–288. Doi.org/10.21273/JASHS04454-18.

  9. Pervaiz A. Abbasi, Shawkat Ali, Willy Renderos, Hamid A. Naeem & Yousef Papadopoulos (2018). First report of Alternaria alternata causing leaf spot and blight symptoms on alfalfa in Canada. : 10.1080/07060661.2018.1470111.

  10. Shah ZH, Rehman HM, Akhtar T, Alsamadany H, Hamooh BT, Mujtaba T, Daur I, Al Zahrani Y, Alzahrani , Ali S, Yang SH and Chung G (2018).Humic Substances: Determining Potential Molecular Regulatory Processes in Plants. Front. Plant Sci. 9:263. : 10.3389/fpls.2018.00263.

  11. Muhammad Jamil, Boubacar A. Kountche, Imran Haider, Xiujie Guo, Valentine O. Ntui, Kun-Peng Jia,Shawkat Ali, Umar S. Hameed, Hidemitsu Nakamura, Ying Lyu, Kai Jiang, Kei Hirabayashi, Masaru Tanokura, Stefan T. Arold, Tadao Asami, and Salim Al-Babili (2017). Methyl are efficient strigolactone analogs with structure.: 10.1093/jxb/erx438.

  12. Thirumalaikumar Venkatesh, Devkar, Vikas Mehterov, Nikolay, Shawkat Ali, Ozgur Rengin, Turkan Ismail, Mueller-Roeber Berndt, Balazadeh Salma (2017). NAC transcription factor JUNGBRUNNEN1 enhances drought tolerance in tomato. Plant Biotechnol J. pp. 1–13. : 10.1111/pbi.12776.

  13. Mohamed E. Abdelaziz, Dongjin Kim, Shawkat Ali,, Salim Al-Babili

  14. Sajid Mahmood, Daur I, Al-Solaimani SG, Ahmad S, Madkour MH, Yasir M, Hirt H, Shawkat Ali and Ali Z (2016). Plant Growth Promoting Rhizobacteria and Silicon Synergistically Enhance Salinity Tolerance of Mung Bean. Front. Plant Sci. 7: 876. Doi: 10.3389/fpls.2016.00876.

  15. Andreas Savvides, Shawkat Ali, Mark Tester, and Vasileios Fotopoulos (2016). Chemical priming against multiple abiotic stresses: mission possible? Trends in Plant Sciences 21(4):329-40. doi: 10.1016/j.tplants.

  16. Shawkat Ali, Maxime Magne, Shiyan Chen, Natasa Obradovic, Lubna Jamshaid, Xiaohong Wang, Guy Bélair and Peter Moffett (2015). Analysis of Globodera rostochiensis effectors reveals conserved functions of SPRYSEC proteins in suppressing plant immune responses Front. Plant Sci. 6:623. Doi:  10.3389/fpls.2015.00623.

  17. Shawkat Ali, Maxime Magne, Shiyan Chen, Olivier Côté, Barbara Gerič Stare, Natasa Obradovic, Lubna Jamshaid, Xiaohong Wang, Guy Bélair and Peter Moffett (2015). Analysis of putative apoplastic effectors from the nematode, Globodera rostochiensis, and identification of an expansin-like protein that can induce and suppress host defenses. PLoS ONE 10 (1): e0115042. Doi: 10.1371/ journal.pone.0115042.

  18. Shawkat Ali and Guus Bakkeren (2015). Conversion of BAC Clones into Binary BAC (BIBAC) Vectors and their Delivery into Basidiomycete Fungal Cells using Agrobacterium tumefaciens. Methods in Molecular Biology. (Clifton, N.J.), vol. 1227, DOI 10.1007/978-1-4939-1652-8.

  19. Shawkat Ali, John, D Laurie, Rob Lining, José Antonio Cervantes-Chávez, Denis Gaudet and Guus Bakkeren (2014). An immunity-triggering effector from the barley smut fungus Ustilago hordei resides in an Ustilaginaceae-specific cluster bearing signs of transposable element-assisted evolution. PLoS Pathogens 10 (7): e1004223.

  20. John D. Laurie, Shawkat Ali, Rob Linning, Gertrud Mannhaupt, Philip Wong, Ulrich Güldener, Martin Münsterkötter, Richard Moore, Regine Kahmann, Guus Bakkeren JanSchirawskie. (2012). Genome comparison of barley and maize smut fungi reveals targeted loss of RNA silencing components and species-specific presence of TEs. The Plant Cell. 24 (5): 1733-45.

  21. Shawkat Ali, Abdul Manan, Oirdi ME, Abdul Waheed & Bushra Mirza (2012). Agrobacterium-mediated transformation of rough lemon (Citrus jambhiri Lush.) with yeast HAL2 gene. BMC Res Notes. 5 (1): 285.

  22. Shawkat Ali & Guus Bakkeren (2011). Introduction of large DNA inserts into the barley pathogenic fungus, Ustilago hordei, via recombined binary BAC vectors and Agrobacterium-mediated transformation. Current Genetics 57 (1): 63-73.

  23. José Antonio Cervantes-Chávez, Shawkat Ali and Guus Bakkeren (2011). Response to environmental stresses, cell wall integrity and virulence are orchestrated through the calcineurin pathway in Ustilago hordei.

  24. Shawkat Ali & Guus Bakkeren (2011). Fungal and oomycete effectors – strategies to subdue a host. Canadian Journal of Plant Pathology, 33 (4): 425-46.

  25. Abida Yasmeen, Bushra Mirza, Samia Inayatullah, Naila Safdar, Maryam Jamil,Shawkat Ali & M. Fayyaz Choudhry (2009). In Planta transformation of tomato. Plant Mol. Biol. Rep. 27: 20-28.

  26. Shawkat Ali & Bushra Mirza (2006). Micropropagation of rough lemon (Citrus jambhiri Lush.): Effect of explants type and hormone concentration. Acta Bot. Croat. 65 (2) 137-146.

Activités professionnelles / intérêts

Relations plantes–pathogènes–hôtes

Associations plantes–microbes

Étude du rôle d’effecteurs dans la promotion et la suppression de maladies des plantes, comme les gènes fongiques et bactériens de virulence, d’avirulence et de pathogénicité

Génétique moléculaire des phytopathogènes et des micro-organismes associés aux plantes

Culture de tissus végétaux et transformation génétique

Réponse des plantes aux stress abiotiques

Prix et études

Études

B.Sc. en agriculture (avec distinction), Université de Gomal, Pakistan, 2001

M.Phil. en biotechnologie, Université Quaid-i-Azam, Islamabad, Pakistan, 2004.

Ph. D.  Département de botanique, Université de la Colombie-Britannique à Vancouver, 2011

 

Prix

FQRNT, Bourse postdoctorale, Québec, Canada 2013

CRSNG, Bourse de recherche scientifique dans les laboratoires du gouvernement canadien, 2011-2013

Médaille d’or, B.Sc. (avec distinction)

Bourse fondée sur le mérite, B.Sc. (avec distinction)

Expérience et / ou de travail international

Janvier 2014 à juin 2017, Boursier postdoctoral, Centre de l’agriculture du désert, Département des sciences biologiques et environnementales et du génie, 4700 Université du roi Abdullah des sciences et des technologies, Thuwal, Arabie saoudite.

Octobre 2015 à novembre 2015, Chercheur scientifique invité, Institut Max-Plank de physiologie moléculaire, Potsdam, Allemagne.

Novembre 2015 à décembre 2015, Chercheur scientifique invité, Institut des phytosciences moléculaires, Université d’Édimbourg, R.-U.

 

 

Principales publications

  1. Ali, S., Magne, M., Chen, S., Côté, O., Stare, B.G., Obradovic, N., Jamshaid, L., Wang, X., Bélair, G., et Moffett, P. (2015). « Analysis of Putative Apoplastic Effectors from the Nematode, Globodera rostochiensis, and Identification of an Expansin-Like Protein That Can Induce and Suppress Host Defenses. », PLoS ONE, p. 1-23. doi : 10.1371/journal.pone.0115042

    2015 - Consulter les détails de la publication

  2. Ali, S., Laurie, J.D., Linning, R., Cervantes-Chávez, J.A., Gaudet, D.A., et Bakkeren, G. (2014). « An Immunity-Triggering Effector from the Barley Smut Fungus Ustilago hordei Resides in an Ustilaginaceae-Specific Cluster Bearing Signs of Transposable Element-Assisted Evolution. », PLoS Pathogens, 10(7: Article number e1004223). doi : 10.1371/journal.ppat.1004223

    2014 - Consulter les détails de la publication

  3. Laurie, J.D., Ali, S., Linning, R., Mannhaupt, G., Wong, P., Güldener, U., Münsterkötter, M., Moore, R., Kahmann, R., Bakkeren, G., et Schirawski, J. (2012). « Genome Comparison of Barley and Maize Smut Fungi Reveals Targeted Loss of RNA Silencing Components and Species-Specific Presence of Transposable Elements. », Plant Cell, 24(5), p. 1733-1745. doi : 10.1105/tpc.112.097261

    2012 - Consulter les détails de la publication

  4. Ali, S. et Bakkeren, G. (2011). « Introduction of large DNA inserts into the barley pathogenic fungus, Ustilago hordei, via recombined binary BAC vectors and Agrobacterium-mediated transformation. », Current Genetics, 57(1), p. 63-73. doi : 10.1007/s00294-010-0324-0

    2011 - Consulter les détails de la publication

  5. Cervantes-Chávez, J.A., Ali, S., et Bakkeren, G. (2011). « Response to Environmental Stresses, Cell-wall Integrity,
    and Virulence Are Orchestrated Through the Calcineurin Pathway in Ustilago hordei. », Molecular Plant-Microbe Interactions, 24(2), p. 219-232. doi : 10.1094/MPMI-09-10-0202

    2011 - Consulter les détails de la publication

Installation de recherche

32, rue Main
Kentville, NS B4N 1J5
Canada

Affiliations

  • Membre de l’International Society of Molecular-Plant Microbe Interaction

    Membre de l’American Society of Plant Biology and Botany

    Membre de la Société canadienne de physiologie végétale

    Membre de la Société canadienne de phytopathologie

    Membre de l’American Phytopathological Society

     

Language

Anglais