Evaluation of molecular methods used for establishing the interactions and functions of microorganisms in anaerobic bioreactors

Des techniques moléculaires ont permis de révéler la complexité du consortium microbien dans les bioréacteurs anaérobies et la présence de plusieurs espèces non cultivées. Le présent article se veut un examen de la panoplie des approches classiques et moléculaires récentes et des analyses multivariables qui ont été ou pourraient être utilisées pour établir les interactions et les fonctions de ces micro organismes anaérobies. La plupart des approches moléculaires utilisées jusqu’à maintenant sont basées sur l’analyse de petites sous-unités d’ADN ribosomique, mais des études récentes font également appel à la quantification de l’expression de gènes fonctionnels. Plusieurs études ont fait état de la mise au point d’essais de PCR en temps réel quantitatif servant à étudier les méthanogènes. On discute également de l’utilisation de méthodes de contrôle moléculaires ayant pour but d’améliorer la stabilité et la performance des bioréacteurs. Les progrès dans les domaines de la métagénomique et de la protéomique permettront de mettre au point des technologies prometteuses de contrôle d’un bon rapport coût efficacité, de véritables « laboratoires sur puce ».