Duplex PCR methods for the molecular detection of Escherichia fergusonii isolates from broiler chickens

Escherichia fergusonii est une bactérie pathogène émergente qui a été isolée dans un large éventail d’infections chez les animaux et les humains. Nous avons conçu des amorces ciblant des gènes particuliers dont yliE (protéine hypothétique conservée de la cellulose synthase et régulateur de l’îlot de la cellulose synthase), EFER_1569 (protéine hypothétique, facteur de transcription présumé de la résistance à de nombreux antibiotiques) et EFER_3126 (triphosphoribosyl-déphospho-CoA présumée) en vue de la détection d’E. fergusonii au moyen d’épreuves PCR en temps réel et PCR classique. Nous avons testé les amorces par PCR in silico avec 489 séquences génomiques bactériennes et au moyen des deux méthodes PCR sur 55 souches de référence et de terrain. Les deux méthodes étaient spécifiques et sensibles pour E. fergusonii : elles n’ont amplifié que cette bactérie. La méthode PCR classique a nécessité une concentration bactérienne minimale d’environ 102 UFC/mL, tandis que la PCR en temps réel a nécessité au moins 0,3 pg d’ADN pour que la détection soit constante. Les courbes d’étalonnage ont révélé une efficacité de 98,5 %, avec une valeur R2 de 0,99 pour la PCR en temps réel. Nous avons fait des prélèvements du contenu caecal et cloacal chez 580 poulets de chair d’exploitations situées dans la vallée du Fraser (Colombie-Britannique, Canada). Nous avons isolé les souches présumées d’E. fergusonii par enrichissement et ensemencement de milieux différentiels et sélectifs. Sur les 301 isolats présumés, 140 (46,5 %) ont été identifiés comme étant E. fergusonii à l’aide du profil biochimique obtenu avec le système API 20E, et 268 (89,0 %), avec les méthodes PCR. Les deux méthodes PCR ont permis de détecter E. fergusonii directement des échantillons caecaux et cloacaux sans préenrichissement. Ainsi, les méthodes PCR mises au point dans le cadre de nos travaux améliorent de façon importante la détection d’E. fergusonii.