Coherence among different microbial source tracking markers in a small agricultural stream with or without livestock exclusion practices

Pendant 6 ans, nous avons prélevé plus de 1 400 échantillons d’eau, toutes les deux semaines, dans un cours d’eau intermittent, protégé ou non du bétail en pâturage, pour y rechercher des marqueurs de Bacteroidales spécifiques de leur hôte, les espèces et les génotypes de Crytosporidium, les virus et coliphages associés à l’être humain ou aux animaux et les bactéries pathogènes zoonotiques. La concentration de marqueur de Bacteroidales spécifique des ruminants n’a pas augmenté en aval des pâturages où le cours d’eau était protégé par comparaison aux sites de surveillance situés en amont; par contre, la concentration de marqueur de Bacteroidales a augmenté dans une mesure significative dans les parties du cours d’eau auxquelles les bovins avaient accès sans restriction. La concentration des marqueurs de Bacteroidales spécifiques de l’être humain a augmenté dans une mesure significative en aval des habitations où les installations septiques étaient défectueuses. Des marqueurs de Bacteroidales spécifiques d’animaux sauvages ont été détectés en aval des zones où l’eau et l’habitat riverain étaient protégés, mais en aval des parties non protégées la fréquence de détection de ces marqueurs a diminué. Des virus pathogènes pour l’être humain ont été détectés à une fréquence élevée et croissante en aval des habitations; le marqueur de Bacteroidales spécifique de l’être humain suivait les mêmes tendances. Nous avons constaté des interrelations non négligeables entre les biomarqueurs, le débit du cours d’eau, la saison et l’utilisation locale des terres en amont. Nous n’avons constaté aucune sinon qu’une faible association entre les marqueurs de Bacteroidales et les microorganismes pathogènes bactériens, viraux ou parasites. Dans l’ensemble, l’uniformité d’un échantillon à l’autre des marqueurs de traceurs de sources microbiennes (TSM) dénotant une même source microbienne était minime, mais les tendances spatiales étaient physiquement significatives au point de vue des effets de l’utilisation des terres (ex. pratiques d’utilisation avantageuses) sur les sources de pollution fécale.