Cibler la phénomique pour exploiter le potentiel de la génomique du bétail
Citation
Juárez, M., Roberts, J.C., López-Campos, Ó., Prieto, N., Aalhus, J.L. (2018). Focusing on phenomics to unlock the potential of livestock genomics. CAB Reviews: Perspectives in Agriculture, Veterinary Science, Nutrition and Natural Resources, [online] 13 http://dx.doi.org/10.1079/PAVSNNR201813019
Résumé en langage clair
On entend par phénomique l’étude systématique du phénome (ensemble des caractères physiques et biochimiques d’un organisme, qui dépendent de la génétique, de l’environnement et de leur interaction). Les coûts associés à la recherche en génomique sont devenus beaucoup plus abordables au cours des dernières années. Par conséquent, la capacité de recueillir des données phénotypiques est devenue le goulot d’étranglement qui empêche de mieux comprendre la génomique du bétail. Dans un premier temps, tous les phénotypes d’intérêt doivent être identifiés et correctement définis. Ensuite, un système normalisé de collecte de données doit être créé pour permettre la comparaison des données. Les conditions avant et après la récolte doivent également être prises en compte et consignées afin de comprendre l’interaction génotype phénotype. De nouvelles technologies sont en train d’être mises au point pour la collecte de données à haut débit tout au long du processus de production. Des systèmes avancés de gestion des données et d’analyse statistique sont également en cours de développement et seront appliqués aux ensembles de données phénomiques. Le partage des données au sein des réseaux de recherche et les projets de collaboration avec des entreprises privées seront essentiels pour accélérer les progrès scientifiques. Grâce à une meilleure compréhension de la relation phénome génome, de nouvelles avancées peuvent être réalisées pour améliorer les caractères importants liés aux systèmes d’élevage du bétail.
Résumé
© CAB International, 2018. Les avancées sur le plan des technologies de la génomique ont permis de réduire les coûts associés à la recherche et de mieux comprendre l’impact des variations génétiques sur les caractères liés à l’élevage du bétail. Dans ce contexte, la collecte de données phénotypiques abondantes et précises constitue souvent le facteur qui limite les progrès dans la génomique du bétail et les domaines connexes. Pour mieux comprendre la carte génotype phénotype et ses interactions complexes, une connaissance plus approfondie de l’influence des systèmes de production et des conditions avant et après la récolte sur le phénotype final est nécessaire. Par conséquent, la collecte de données phénotypiques et environnementales à haute densité constitue un défi majeur pour la recherche sur l’élevage du bétail. Pour relever ce défi, les phénotypes d’intérêt, depuis l’expression génique jusqu’aux caractéristiques des produits d’origine animale, doivent être clairement identifiés, normalisés et recueillis dans des formats mesurables. Des techniques à haut débit sont en train d’être mises au point dans le cadre d’efforts de collaboration réunissant de multiples disciplines scientifiques afin de recueillir des données à différentes étapes de la chaîne de valeur de la production. Les réseaux de recherche et les projets de collaboration avec des entreprises privées favoriseront le partage des données et les progrès scientifiques. De nouvelles approches bio informatiques et des méthodes avancées de gestion, de traitement et d’analyse des données sont essentielles pour intégrer et interpréter les grandes quantités de données générées par de multiples sources. Une meilleure compréhension du phénome et l’accès à des données phénotypiques précieuses, combinés aux nouvelles avancées de la génomique fonctionnelle, entraîneront des progrès sans précédent en ce qui concerne les caractères économiquement importants pour les systèmes d’élevage du bétail.