Frank You

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Chercheur Scientifique

Recherche en génomique et en bio-informatique des cultures, en particulier le blé et le lin. Principaux domaines d’expertise : bio-informatique des végétaux, génétique quantitative et génomique statistique, séquençage génomique, évolution des génomes et conception d’outils logiciels et de bases de données.

Recherche et / ou projets en cours

  • Variantes génétiques et épigénétiques des cultures de céréales canadiennes pour la production et l’analyse fonctionnelle; projet de l’IRDG

  • Recherche en matière de génomique intégrée, de phytopathologie et de sélection en vue de l’amélioration de la résistance des céréales canadiennes à la fusariose de l’épi; projet de la WGRF

  • Caractérisation des gènes de la résistance à la rouille chez le lin; projet de l’ADF

  • Mise au point de variétés et de matériel génétique de haricots secs à maturation précoce pour le Manitoba et l’Ouest canadien; grappe des légumineuses du PCA.

  • Plateformes de préreproduction pour l’amélioration du blé canadien; grappe du blé du PCA

  • Marqueurs génomiques et moléculaires permettant d’identifier les gènes de résistance chez le lin; projet du PCA

  • Projet 4DWheat : diversité, découverte, design et diffusion; projet de Génome Canada et d’AAC

  • Étude de la génomique de l’avoine et de l’orge pour trouver des traits spécifiques et utilitaires; projet d’AAC

 

Énoncés de recherches/projets

  • Mise au point d’une nouvelle génération de génomes de référence pour le lin

  • Identification des QTL et exploration génomique en vue de déterminer les caractéristiques importantes, en particulier au chapitre du rendement des semences et de la résistance aux maladies, du blé et du lin

  • Mise au point d’une stratégie de développement génomique en vue de maximiser l’exactitude des prévisions et diminuer le coût de la sélection en réduisant le nombre de marqueurs

  • Conception d’outils et de bases de données bio-informatiques pour faciliter l’analyse de grandes quantités de données génomiques et phénotypiques, ainsi que l’exploration génomique.

Prix et études

  • Ph. D., Génétique et amélioration des végétaux, Université agricole de Nanjing, 1989

  • M.Sc., Génétique et amélioration des végétaux (génétique statistique), Université agricole de Nanjing, 1985

  • B.Sc., Sciences informatiques, Université du Manitoba, 1999

  • B.Sc., Agronomie, Université agricole du Sichuan, 1982

Principales publications

  1. Cloutier S, Fedak G, Fatima F, Bartaula S, McCallum B, Henriquez MA, Blackwell B, Aboukhaddour R, Foster A, Hiebert C, Humphreys G, Mccartney C, Pozniak C, You F (2022) Wheat Pre-breeding: the struggle(s) and potential. Proc. 37th Plant Sciences Graduate Students’ Symposium 2022, March 4-5, Virtual (oral)

    2022 - View publication details

  2. Cloutier S, Fedak G, Fatima F, Bartaula S, McCallum B, Henriquez MA, Blackwell B, Aboukhaddour R, Foster A, Hiebert C, Humphreys G, McCartney C, Pozniak C, You F (2021) The challenges and promises of pre-breeding. Can Soc Plant Biol – Eastern Regional Meeting. Virtual, Nov 27 (oral keynote plenary)

    2021 - View publication details

  3. Suo, R.Z., Mwaniki, A., Zheng, C.F., Jia, B., You, F.M., Conner, R.L., Xu, W.1 and Hou, A. QTL identification of seed hardness traits in a diverse genetic panel of common bean (Phaseolus vulgaris). Poster presentation. Bean Improvement Cooperative Biennial Meeting (Virtual), November 2-3, 2021.

    2021 - View publication details

  4. Wayne Xu, James R Tucker, Wubishet A Bekele, Frank M You, Yong-Bi Fu, Raja Khanal, Zhen Yao, Jaswinder Singh, Brian Boyle, Aaron D Beattie, François Belzile, Martin Mascher, Nicholas A Tinker, Ana Badea, Genome Assembly of the Canadian Two-row Malting Barley Cultivar AAC Synergy, G3 Genes|Genomes|Genetics, 2021;, jkab031, https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab031

    2021 - View publication details

  5. Sertse, D., You, F.M., Ravichandran, S., Soto-Cerda, B.J., Duguid, S., Cloutier, S. (2021). Loci harboring genes with important role in drought and related abiotic stress responses in flax revealed by multiple GWAS models. Theoretical and Applied Genetics (TAG), [online] 134(1), 191-212. http://dx.doi.org/10.1007/s00122-020-03691-0

    2021 - View publication details

  6. Khan, N., You, F.M., Datla, R., Ravichandran, S., Jia, B., Cloutier, S. (2020). Genome-wide identification of ATP binding cassette (ABC) transporter and heavy metal associated (HMA) gene families in flax (Linum usitatissimum L.). BMC Genomics, [online] 21(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12864-020-07121-9

    2020 - View publication details

  7. Fatima F, McCallum BD, Pozniak CJ, Hiebert C, McCartney C, Fedak G, You FM, Cloutier S* (2020) Resistance gene cloning from a wild crop relative by sequence capture and association genetics. Frontiers Plant Sci 11:583738 (doi: 10.3389/fpls.2020.583738)

    2020 - View publication details

  8. Yao, Z., You, F.M., N'Diaye, A., Knox, R.E., McCartney, C., Hiebert, C.W., Pozniak, C., Xu, W. (2020). Evaluation of variant calling tools for large plant genome re-sequencing. BMC Bioinformatics, [online] 21(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12859-020-03704-1

    2020 - View publication details

  9. Lan, S., Zheng, C., Hauck, K., McCausland, M., Duguid, S.D., Booker, H.M., Cloutier, S., You, F.M. (2020). Genomic prediction accuracy of seven breeding selection traits improved by QTL identification in flax. International Journal of Molecular Sciences, [online] 21(5), http://dx.doi.org/10.3390/ijms21051577

    2020 - View publication details

  10. Fatima F, McCallum B, Hiebert C, McCartney C, Fedak G, Pozniak C, Edwards T, Ravichandran S, You FM, Cloutier S (2020) Single and multi-locus genome-wide association study for leaf rust resistance in cultivated, progenitor and wild wheat. Proc 28th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, Jan 11-15, PO0937

    2020 - View publication details

  11. Cloutier S, You F, Rashid K, Zheng C, Lam S, Khan N, He L, Xiao X, Yao J, Li P (2020) Insights into genetic structure and genomic prediction of powdery mildew resistance in flax (Linum usitatissimum L.). Proc 28th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, Jan 11-15, PO0499

    2020 - View publication details

  12. Soto-Cerda, B.J., Cloutier, S., Gajardo, H.A., Aravena, G., Quian, R., You, F.M. (2020). Drought response of flax accessions and identification of quantitative trait nucleotides (QTNs) governing agronomic and root traits by genome-wide association analysis. Molecular Breeding, [online] 40(1), http://dx.doi.org/10.1007/s11032-019-1096-y

    2020 - View publication details

  13. Sertse, D., You, F.M., Ravichandran, S., Cloutier, S. (2019). The Complex Genetic Architecture of Early Root and Shoot Traits in Flax Revealed by Genome-Wide Association Analyses. Frontiers in Plant Science, [online] 10 http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2019.01483

    2019 - View publication details

  14. Cloutier S, You FM, Soto-Cerda BJ (2019) Linum Genetic Markers, Maps and QTL Discovery. In: Genetics and Genomics of Linum, Plant Genetics and Genomics: Crops and Models 23, Cullis CA (ed), Springer Nature, Switzerland, Chap 7, doi.org/10.1007/978-3-030-23964-0_7

    2019 - View publication details

  15. You FM, Cloutier S (2019) Assembly of the Flax Genome into Chromosomes. In: Genetics and Genomics of Linum, Plant Genetics and Genomics: Crops and Models 23, Cullis CA (ed), Springer Nature, Switzerland, Chap 5, doi.org/10.1007/978-3-030-23964-0_5

    2019 - View publication details

  16. Sertse, D., You, F.M., Ravichandran, S., Cloutier, S. (2019). The genetic structure of flax illustrates environmental and anthropogenic selections that gave rise to its eco-geographical adaptation. Molecular Phylogenetics and Evolution, [online] 137 22-32. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2019.04.010

    2019 - View publication details

  17. Fatima F, Edwards T, Hiebert C, McCartney C, McCallum B, Henriquez MA, Humphreys G, Cao W, Fedak G, You FM, Cloutier S (2019) Diversity analysis of wheat and wild relatives using the wheat 90K Infinium array. Proc 1st International Wheat Congress, Saskatoon, July 21-27, P217 (poster)

    2019 - View publication details

  18. Bruskiewich RM, Caron CT, Kucheran LS, Jia G, Young LW, Staton SE, Légaré J-S, Wang Z, Huellas-Bruskiewicz K, Warfield A, Marden E, Bett K, Booker HM, Cloutier S, You FM and Rieseberg LH. The DivSeek Canada Initiative: out of the starting gate. XXVII Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, January 12-16, 2019 (PO0035)

    2019 - View publication details

  19. Young LW, Trouve J-P, Speck A, Kutcher R, Rashid KY, You FM, Cloutier S and Booker HM. Mapping rust and powdery mildew resistant genes in flax. XXVII Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, January 12-16, 2019 (PO0871).

    2019 - View publication details

  20. Jia G, You FM, Cloutier S, Deyholos MK, and Booker H. The flax breeding database (FlaxDB). XXVII Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, January 12-16, 2019. PE1082

    2019 - View publication details

Installation de recherche

960, avenue Carling
Ottawa, ON K1A 0C6
Canada

Affiliations

Professeur invité, Université agricole de Nanjing

Professeur auxiliaire, Université du Manitoba

Language

Anglais

Other languages

Mandarin/Chinese