Frank You

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Chercheur Scientifique

Recherche en génomique et en bio-informatique des cultures, en particulier le blé et le lin. Principaux domaines d’expertise : bio-informatique des végétaux, génétique quantitative et génomique statistique, séquençage génomique, évolution des génomes et conception d’outils logiciels et de bases de données.

Recherche et / ou projets en cours

  • Variantes génétiques et épigénétiques des cultures de céréales canadiennes pour la production et l’analyse fonctionnelle; projet de l’IRDG

  • Recherche en matière de génomique intégrée, de phytopathologie et de sélection en vue de l’amélioration de la résistance des céréales canadiennes à la fusariose de l’épi; projet de la WGRF

  • Caractérisation des gènes de la résistance à la rouille chez le lin; projet de l’ADF

  • Mise au point de variétés et de matériel génétique de haricots secs à maturation précoce pour le Manitoba et l’Ouest canadien; grappe des légumineuses du PCA.

  • Plateformes de préreproduction pour l’amélioration du blé canadien; grappe du blé du PCA

  • Marqueurs génomiques et moléculaires permettant d’identifier les gènes de résistance chez le lin; projet du PCA

  • Projet 4DWheat : diversité, découverte, design et diffusion; projet de Génome Canada et d’AAC

  • Étude de la génomique de l’avoine et de l’orge pour trouver des traits spécifiques et utilitaires; projet d’AAC

 

Énoncés de recherches/projets

  • Mise au point d’une nouvelle génération de génomes de référence pour le lin

  • Identification des QTL et exploration génomique en vue de déterminer les caractéristiques importantes, en particulier au chapitre du rendement des semences et de la résistance aux maladies, du blé et du lin

  • Mise au point d’une stratégie de développement génomique en vue de maximiser l’exactitude des prévisions et diminuer le coût de la sélection en réduisant le nombre de marqueurs

  • Conception d’outils et de bases de données bio-informatiques pour faciliter l’analyse de grandes quantités de données génomiques et phénotypiques, ainsi que l’exploration génomique.

Prix et études

  • Ph. D., Génétique et amélioration des végétaux, Université agricole de Nanjing, 1989

  • M.Sc., Génétique et amélioration des végétaux (génétique statistique), Université agricole de Nanjing, 1985

  • B.Sc., Sciences informatiques, Université du Manitoba, 1999

  • B.Sc., Agronomie, Université agricole du Sichuan, 1982

Principales publications

  1. You FM, Xu W, Tucker JR, Khanal R, Beattie A, Brar G, Fu Y-B, Zheng C, Malti S, Shah K, Liton U, Holden S, Yao Z, Singh J, Boyle B, Belzile F, Mascher M, Tinker N, Bekele W, and Badea A. Reference-level genome assemblies and comparative analysis of five representative Canadian barley cultivars. 2024 Barley Symposium – From the Ground Up. February 26-27, Saskatoon, Canada (Oral talk)

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  2. Khadka B, Chawla HS, Edwards T, Lévesque-Lemay M, Zheng C, You FM, Pozniak CJ, Cloutier S (2024) Transcriptome analysis and genome annotation of diploid Aegilops species. Proc 31th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, Jan 13-17, PE0419 (poster)

    2024 - Consulter les détails de la publication

  3. You FM, Zheng C, Edwards T, Jia B, Li P, McCallum B, Pozniak CJ, Cloutier S (2023) Quantitative trait loci and candidate genes conferring leaf rust resistance in synthetic hexaploid wheat derived populations. Proc 5th Canadian Wheat Symposium, Vancouver, Nov 13-16

    2023 - Consulter les détails de la publication

  4. Khadka B, Chawla HS, Edwards T, Lévesque-Lemay M, Zheng C, You FM, Pozniak CJ, Cloutier S (2023) Transcriptome analysis and genome annotation of diploid Aegilops species. Proc 5th Canadian Wheat Symposium, Vancouver, Nov 13-16, P17

    2023 - Consulter les détails de la publication

  5. Toward evidence that homologs of RPW8 act through salicylic acid signaling in powdery mildew resistance in flax
    Vanessa Clemis1,2, Mohsin Zaidi, Frank You3, Chunfang Zheng3, Sylvie Cloutier3, and Bourlaye Fofana1
    1Charlottetown Research and Development Centre, Agriculture and Agri-Food Canada, 440 University Avenue, Charlottetown, Prince Edward Island, C1A 4N6, Canada
    2University of Prince Edward Island, 550 University Avenue, Charlottetown, Prince Edward Island, C1A 4P3, Canada
    3Ottawa Research and Development Centre, Agriculture and Agri-Food Canada, 960 Carling Avenue, Ottawa, Ontario, K1A 0C6, Canada
    *bourlaye.fofana@agr.gc.ca
    Powdery mildew (PM) is an obligate biotrophic fungus (Podosphaera lini) causing high yield loss to flax (Linum usitatissimum L.). To date, no PM resistance genes have been fully functionally characterized. Using GWAS, we identified a locus harboring three flax homologs of the Arabidopsis RPW8 genes that confer broad-spectrum resistance to powdery mildew. Here, we characterized the gene expression profile of the three RPW8 candidate genes following PM inoculation. The data showed that, similar to RPW8.2 acting through the salicylic acid (SA) signaling pathway, the RPW8 homologs Lus10000835 and Lus10000836 are highly expressed in resistant flax lines compared to the suscpetible lines. In contrast, the flax RPW8 homolog Lus10009328 was highly expressed in the susceptible lines, suggesting a different signaling pathway from the other two homologs. RPW8.1 has been shown to activate ethylene signaling through aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase gene isoform 4 (ACO4) and, this elevated ethylene negatively regulates the expression of RPW8.1, thereby attenuating its mediated-cell death and disease resistance when no disease is present to avoid unnecessary defense responses. We conclude that PM resistance induced by RPW8 in flax may mainly be activated through SA signaling pathways, and perhaps similarly to the ethylene signaling in Arabidopsis.

    2023 - Consulter les détails de la publication

  6. Vasudevan A, Zheng C, Ens J, Pozniak CJ, You FM, Cloutier S (2023) SHW × elite wheat backcross introgression lines: Is there any bias in retention of SHW genome fraction during pre-breeding? Proc 30th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, Jan 13-18, PO0521 (poster)

    2023 - Consulter les détails de la publication

  7. Cloutier S, Zheng C, Rashid K, Molina O, Edwards T, Lévesque-Lemay, Froese S, Jackle K, House M, Young L, Booker H, Ta’ran B, You F (2023) Fusarium wilt resistance in flax is controlled by a major gene on chromosome 1. Flax Genomics Workshop, Proc 30th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, Jan 13-18 (oral – invited)

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  8. You FM, Cloutier S (2023) Multi-trait multi-model QTL mapping strategies in flax. Proc 30th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, Jan 13-18 (Oral presentation)

    2023 - Consulter les détails de la publication

  9. Cloutier S, Sertse D, Ravichandran S, Duguid S, Soto-Cerda BJ, You FM (2022) Gene banks for crop improvement under climate change: a case study of flax drought. ProciNorte-NORGEN – Task Force on Genetic Resouces, Nov 15, Virtual (oral – invited)

    2022 - Consulter les détails de la publication

  10. Agricultural Innovations (Volume V) https://collab.agr.gc.ca/br-dg/stb-dgst/Documents/Annual%20Publications/Agricultural%20Innovations%20Vol%20V.pdf

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  11. Cloutier S, Fedak G, Fatima F, Bartaula S, McCallum B, Henriquez MA, Blackwell B, Aboukhaddour R, Foster A, Hiebert C, Humphreys G, McCartney C, Pozniak C, You F (2022) Tapping into wild relatives to improve wheat. ProciNorte Disease Task Force Webinars - Wheat & Grapes: Mitigating the effects brought on by climate change, Sept 13 & 15, Virtual (oral – invited)

    2022 - Consulter les détails de la publication

  12. Khadka B, Lévesque-Lemay M, Edwards T, Zheng C, Ens J, Chawla HS, You FM, Pozniak CJ, Cloutier S (2022) Transcriptome analysis and annotation of multiple Aegilops genomes. 2nd International Wheat Congress, Beijing, China, Sept 12-16 (e-poster)

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  13. Cloutier S, Fedak G, Fatima F, Bartaula S, McCallum B, Henriquez MA, Blackwell B, Aboukhaddour R, Foster A, Hiebert C, Humphreys G, Mccartney C, Pozniak C, You F (2022) Wheat Pre-breeding: the struggle(s) and potential. Proc. 37th Plant Sciences Graduate Students’ Symposium 2022, March 4-5, Virtual (oral)

    2022 - Consulter les détails de la publication

  14. Cloutier S, Fedak G, Fatima F, Bartaula S, McCallum B, Henriquez MA, Blackwell B, Aboukhaddour R, Foster A, Hiebert C, Humphreys G, McCartney C, Pozniak C, You F (2021) The challenges and promises of pre-breeding. Can Soc Plant Biol – Eastern Regional Meeting. Virtual, Nov 27 (oral keynote plenary)

    2021 - Consulter les détails de la publication

  15. Suo, R.Z., Mwaniki, A., Zheng, C.F., Jia, B., You, F.M., Conner, R.L., Xu, W.1 and Hou, A. QTL identification of seed hardness traits in a diverse genetic panel of common bean (Phaseolus vulgaris). Poster presentation. Bean Improvement Cooperative Biennial Meeting (Virtual), November 2-3, 2021.

    2021 - Consulter les détails de la publication

  16. Xu, W., Tucker, J.R., Bekele, W.A., You, F.M., Fu, Y.B., Khanal, R., Yao, Z., Singh, J., Boyle, B., Beattie, A.D., Belzile, F., Mascher, M., Tinker, N.A., Badea, A. (2021). Genome assembly of the canadian two-row malting barley cultivar AAC synergy. G3: Genes, Genomes, Genetics, [online] 11(4), http://dx.doi.org/10.1093/g3journal/jkab031

    2021 - Consulter les détails de la publication

  17. Sertse, D., You, F.M., Ravichandran, S., Soto-Cerda, B.J., Duguid, S., Cloutier, S. (2021). Loci harboring genes with important role in drought and related abiotic stress responses in flax revealed by multiple GWAS models. Theoretical and Applied Genetics (TAG), [online] 134(1), 191-212. http://dx.doi.org/10.1007/s00122-020-03691-0

    2021 - Consulter les détails de la publication

  18. Khan, N., You, F.M., Datla, R., Ravichandran, S., Jia, B., Cloutier, S. (2020). Genome-wide identification of ATP binding cassette (ABC) transporter and heavy metal associated (HMA) gene families in flax (Linum usitatissimum L.). BMC Genomics, [online] 21(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12864-020-07121-9

    2020 - Consulter les détails de la publication

  19. Fatima, F., McCallum, B.D., Pozniak, C.J., Hiebert, C.W., McCartney, C.A., Fedak, G., You, F.M., Cloutier, S. (2020). Identification of New Leaf Rust Resistance Loci in Wheat and Wild Relatives by Array-Based SNP Genotyping and Association Genetics. Frontiers in Plant Science, [online] 11 http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2020.583738

    2020 - Consulter les détails de la publication

  20. Yao, Z., You, F.M., N'Diaye, A., Knox, R.E., McCartney, C., Hiebert, C.W., Pozniak, C., Xu, W. (2020). Evaluation of variant calling tools for large plant genome re-sequencing. BMC Bioinformatics, [online] 21(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12859-020-03704-1

    2020 - Consulter les détails de la publication

Installation de recherche

960, avenue Carling
Ottawa, ON K1A 0C6
Canada

Affiliations

Professeur invité, Université agricole de Nanjing

Professeur auxiliaire, Université du Manitoba

Langue

Anglais

Autres langues

Mandarin/Chinese