Evidence of increased diversity of methanogenic archaea with plant extract supplementation

Nous avons évalué les effets de certaines huiles essentielles sur les communautés archéennes en utilisant le rumen de l’ovin comme modèle. Nous avons étudié 40 brebis Arcott Canadien sevrées qui ont reçu pendant 13 semaines une ration à base d’orge à laquelle nous avons ajouté l’une des trois huiles essentielles suivantes : cinnamaldéhyde, huile d’ail et huile de baie de genièvre; il y avait dix brebis par traitement et un groupe témoin dont la ration ne contenait pas d’huile ajoutée. Les brebis ont été abattues, et nous avons prélevé des échantillons du contenu ruminal de chacune que nous avons regroupés par traitement. Nous avons extrait l’ADN de ces échantillons groupés et nous l’avons analysé pour détecter les espèces archéennes méthanogènes en réalisant une réaction en chaîne par polymérase (PCR) quantitative suivie d’une électrophorèse en gradient de gel dénaturant, d’un clonage et d’un séquençage. D’après les résultats, le nombre total de copies d’ARNr 16S archéen n’a pas été changé de façon significative par les traitements. L’analyse phylogénétique a permis de constater qu’avec l’ajout de cinnamaldéhyde, d’huile d’ail et d’huile de baie de genièvre, la diversité des espèces archéennes méthanogènes apparentées à Methanosphaera stadtmanae, à Methanobrevibacter smithii et à certains groupes non cultivés tendait à augmenter. La tendance à la diversification observée chez les espèces archéennes méthanogènes avec l’ajout d’huile essentielle à la ration pourrait résulter de changements touchant les espèces de protozoaires associées. L’ajout d’huile essentielle à la ration des ruminant pourrait avoir un effet sur la diversité des espèces méthanogènes ruminales sans influer sur la capacité méthanogène du rumen.