Description et séquence complète du génome de Bradyrhizobium amphicarpaeae sp. nov. portant des gènes du photosystème et de la fixation d’azote

La souche bactérienne, désignée 39S1MBT, isolée d’un nodule racinaire d'une plante de soja qui avait été cultivée dans un sol ensemencé avec un échantillon de sol de la zone racinaire d'Amphicarpaea bracteata (amphicarpe bractéolée) poussant au Canada, a été caractérisée et placée dans une nouvelle lignée du genre Bradyrhizobium. Le statut taxinomique de la souche 39S1MBT a été vérifié par des analyses génomiques et phénotypiques. L’analyse phylogénétique des séquences de gènes codant des protéines individuelles et concaténées (atpD, glnII, recA, gyrB et rpoB) place la souche 39S1MBT dans une lignée distincte des espèces connues. Les données sur la similarité des séquences géniques concaténées des souches types des espèces connues corroborent les données phylogénétiques. Les valeurs moyennes d'identité nucléotidique des séquences génomiques (84,5 à 91,7 %) étaient bien en deçà de la valeur seuil pour la circonscription d’une espèce bactérienne. D'après ces données, Bradyrhizobium ottawaense OO99T et Bradyrhizobium shewense ERR11T sont des parents proches de la souche 39S1MBT. Le génome complet de 39S1MBT comprend un seul chromosome de 7,04 Mbp sans îlot de symbiose; la teneur en G+C est de 64,7 mol%. Les gènes clés du photosystème et de la fixation de l'azote sont présents dans le génome, mais pas ceux de la nodulation ni du système de sécrétion de type III. L'analyse de la séquence du gène de fixation de l'azote, nifH, place 39S1MBT dans une nouvelle lignée distincte des espèces de Bradyrhizobium connues. Les données des tests phénotypiques, dont les caractéristiques de croissance et l'utilisation des sources de carbone, corroborent le résultat des analyses de séquences. Selon les données présentées ici, une nouvelle espèce portant le nom de Bradyrhizobium amphicarpaeae sp. nov. est proposé avec 39S1MBT (=LMG 29934T=HAMBI 3680T) comme souche type.