Sylvie Cloutier, Ph.D.

Image Sylvie Cloutier
Chercheuse scientifique principale
  • Chef et/ou chercheuse principale de projets de recherche financés par Génome Canada, par le secteur industriel et par le gouvernement;
  • Réalise des projets en génomique, génétique, épigénétique et bioinformatique du blé et du lin;
  • Focus sur la diversité génétique, les espèces sauvages apparentées, la résistance aux stresses biotiques (maladies) et abiotique (sécheresse, métaux lourds).

  

Recherche et / ou projets en cours

“4DWheat”: Diversité, Domestication, Découverte et Distribution

  • Chefs: Curtis Pozniak et Sylvie Cloutier
  • Collaborateurs: Frank M. You, Sean Walkowiak, Steve Robinson, Sateesh Kagale, Curt McCartney, Colin Hiebert, Andrew Sharpe, Richard Cuthbert, Steve Shirtliffe, Maria Antonia Henriquez, Richard Gray, Jill Hobbs, Tristan Skolrud, Peter Slade, Alfons Weersink
  • Financement: $11,401,111
  • Source de fonds: Génome Canada, Partenariat AAC, Canadian Wheat Research Coalition, Western Grains Research Foundation, Illumina, Saskatchewan Wheat Development Commission, Alberta Wheat Development Commission, Manitoba Wheat and Barley Development Commission, Viterra, Province de la Saskatchewan, Ministère du Développement économique, de la Création d'emplois et du Commerce de l'Ontario
  • Période: 2019-2024

Une plateforme canadienne de pré-sélection pour l’amélioration du blé

  • Chefs: Sylvie Cloutier et Curt McCartney
  • Collaborateurs: Frank You, Brent McCallum, Reem Aboukhaddour, Adam Foster, George Fedak, Maria Antonia Henriquez, Barbara Blackwell, Dan MacEachern
  • Financement: $1,034,574
  • Source de fonds: Partenariat canadien pour l’agriculture – AAC/Canadian Wheat Research Coalition
  • Période: 2018-2023

Étude de la diversité génotypique et des incidences environnementales du cadmium sur son contenu dans les graines de lin dans le but de développer des cultivars à teneur réduite

  • Chefs: Axel Diederichsen et Sylvie Cloutier
  • Collaborateurs: Scott Duguid, Dallas Kessler et Richard Gugel
  • Financement: $284,476
  • Source de fonds: Partenariat canadien pour l’agriculture – AAC/Diversified Field Crop Cluster
  • Période: 2018-2023

Génomique et marqueurs moléculaires pour les gènes de résistance aux maladies chez le lin

  • Chefs: Frank You et Sylvie Cloutier
  • Collaborateurs: Khalid Rashid, Helen Booker, Randy Kutcher, Lester Young
  • Financement: $839,301
  • Source de fonds: Partenariat canadien pour l’agriculture – AAC/Diversified Field Crop Cluster
  • Période: 2018-2023

Étude de l’ampleur et du potentiel de la variation épigénétique chez le blé

  • Chef: Steve Robinson
  • Collaborateurs: Sylvie Cloutier, Curtis Pozniak, Andrew Sharpe
  • Financement: $524,000
  • Source de fonds: Alliance canadienne du blé
  • Période: 2016-2021

Caractérisation des gènes de résistance à la rouille du lin

  • Chef: Helen Booker
  • Collaborateurs: Sylvie Cloutier, Frank You, Khalid Rashid, Lester Young, Randy Kutcher
  • Financement: $357,139
  • Source de fonds: Agricultural Development Fund, Western Grains Research Foundation et Saskatchewan Flax Development Commission
  • Période: 2017-2020

Énoncés de recherches/projets

“4DWheat”:

  • Générer les génomes-références de six espèces d’Aegilops;
  • Effectuer les analyses pan-génomiques de 50 génomes d’Aegilops et de Triticum à partir de séquences de longues-portées guidées par les génomes-références;
  • Effectuer la découverte des SNPs et analyser la diversité à l’aide de séquences courtes à faible couverture;
  • Générer les données génomiques et les analyses bioinformatiques de cinq populations provenant de rétrocroisements et de 25 populations “NAM” (Nested Association Mapping) provenant de 30 blés synthétiques dans le but d’améliorer le design des croisements et la sélection, et ce, afin d’accroître la diversité génétique en provenance du génome  “D” d’Ae. tauschii.

Plateforme canadienne de pré-selection pour l’amélioration du blé:

  • Effectuer le génotypage et le phénotypage d’une collection de plusieurs espèces de blés cultivés, de progéniteurs, de blés synthétiques et d’espèces sauvages apparentées pour la résistance aux rouilles brune et jaune, à la fusariose et à l’oïdium;
  • Effectuer des études d’association à la grandeur du génome pour les caractères de résistance aux maladies et identifier des gènes et marqueurs génétiques utiles en amélioration du blé.

Épigénétique du blé:

  • Étudier les mécanismes d’ expression des gènes dans les blés synthétiques à l’aide de séquençage d’ARN et de micro-ARN.

Cadmium dans le lin:

  • Séquencer une collection de lin variant pour sa teneur en cadmium et effectuer des études d’association à la grandeur du génome afin d'identifier les gènes et les marqueurs génétiques liés à la réduction en cadmium dans la graine.

Maladies du lin:

  • Développer des marqueurs et isoler des gènes de résistance au pasmo, à l’oïdium et à la jaunisse fusarienne du lin.

Publications centes:

  • Walkowiak S, Gao L, Monat C, Haberer G, Kassa MT, Brinton J, Ramirez-Gonzalez RH, Kolodziej MC, Delorean E, Thambugala D, Klymiuk V, Byrns B, Gundlach H, Bandi V, Siri JN, Nilsen K, Aquino C, Himmelbach A, Copetti D, Ban T, Venturini L, Bevan M, Clavijo B, Koo D-H, Ens J, Wiebe K, N’Diaye A, Fritz AK, Gutwin C, Fiebig A, Fosker C, Fu BX, Accinelli GG, Gardner KA, Fradgley N, Gutierrez-Gonzalez J, Halstead-Nussloch G, Hatakeyama M, Koh CS, Deek J, Costamagna AC, Fobert P, Heavens D, Kanamori H, Kawaura K, Kobayashi F, Krasileva K, Kuo T, McKenzie N, Murata K, Nabeka Y, Paape T, Padmarasu S, Percival-Alwyn L, Kagale S, Scholz U, Sese J, Juliana P, Singh R, Shimizu-Inatsugi R, Swarbreck D, Cockram J, Budak H, Tameshige T, Tanaka T, Tsuji H, Wright J, Wu J, Steuernagel B, Small I, Cloutier S, Keeble-Gagnère G, Muehlbauer G, Tibbets J, Nasuda S, Melonek J, Hucl PJ, Sharpe AG, Clark M, Legg E, Bharti A, Langridge P, Hall A, Uauy C, Mascher M, Krattinger SG, Handa H, Shimizu KK, Distelfeld A, Chalmers K, Keller B, Mayer KFX, Poland J, Stein N, McCartney CA, Spannagl M, Wicker T, Pozniak CJ (2020) Multiple wheat genomes reveal global variation in modern breeding. Nature (doi.org/10.1038/s41586-020-2961-x)
  • Fatima F, McCallum BD, Pozniak CJ, Hiebert C, McCartney C, Fedak G, You FM, Cloutier S (2020) Resistance gene cloning from a wild crop relative by sequence capture and association genetics. Frontiers Plant Sci (doi: 10.3389/fpls.2020.583738)
  • Sertse D, You FM, Ravichandran S, Soto-Cerda BJ, Duguid S, Cloutier S (2020) Loci harboring genes with important role in drought and related abiotic stress responses in flax revealed by multiple GWAS models. Theor Appl Genet Online first Oct 12 (doi: 10.1007/s00122-020-03691-0)
  • Khan N, You FM, Datla R, Ravichandran S, Jia B, Cloutier S (2020) Genome-wide identification of ATP binding cassette (ABC) transporter and heavy metal associated (HMA) gene families in flax (Linum usitatissimum L.). BMC Genomics 21:722 (doi: 10.1186/s12864-020-07121-9)
  • Rajagopalan N, Lu Y, Burton IW, Monteil-Rivera F, Halasz A, Reimer E, Tweidt R, Brule-Babel A, Kutcher HR, You FM, Cloutier S, Cuperlovic-Culf M, Hiebert CW, McCallum BD, Loewen MC (2020) A phenylpropanoid diglyceride associates with the leaf rust resistance Lr34res gene in wheat. Phytochemistry 178:112456 (doi.org/10.1016/j.phytochem.2020.112456)
  • You FM, Cloutier S (2020) Mapping quantitative trait loci onto chromosome-scale pseudomolecules in flax. Methods Protoc 3:E28 (doi: 10.3390/mps3020028)
  • Soto-Cerda BJ, Cloutier S, Gagardo HA, Aravena G, Quian R, You FM (2020) Drought response of flax accessions and identification of quantitative trait nucleotides (QTNs) governing agronomic and root traits by genome-wide association analysis. Mol Breeding 40:15 (doi.org/10.1007/s11032-019-1096-y)
  • Shafiei-Koij F, Cloutier S, Ravichandran S, Barthet V, Rodrigue N, Mirlohi A, Majidi MMM (2020) Evolution of Carthamus species revealed through sequence analyses of the fad2 gene family. Physiol Mol Biol Plant 26: 419-432 (doi.org/10.1007/s12298-019-00739-4)
  • Sertse D, You FM, Ravichandran S, Cloutier S (2020) The Complex Genetic Architecture of Early Root and Shoot Traits in Flax Revealed by Genome-Wide Association Analyses. Front Plant Sci 10:1483 (doi.org/10.3389/fpls.2019.01483)

 

Activités professionnelles / intérêts

  • Co-chef du projet “4DWheat” subventionné par Génome Canada
  • Co-chef du projet “TUFGEN” subventionné par Génome Canada
  • Co-chef de la plateforme canadienne de pré-sélection pour l’amélioration du blé

Prix et études

Éducation

  • Ph.D. Génétique Moléculaire, Université de Montréal, 1994
  • M.Sc. Biotechnologie végétale, Université de Guelph, 1990
  • B.Sc.Appl. Bio-Agronomie, Université Laval, 1987

Prix

  • Prix Rosemary Davis de Financement Agricole Canada pour leadership en agriculture, 2013

 

Expérience et / ou de travail international

International

  • Walkowiak S, … Cloutier S, et al. (2020) Multiple wheat genomes reveal global variation in modern breeding. Nature (doi.org/10.1038/s41586-020-2961-x)
  • McCouch S, … Cloutier S, et al. (2013) Agriculture: Feeding the future. Nature 499:23-24

Australie

  • Rosewarne GM, … Cloutier S, McFadden H, Lagudah ES (2006) Leaf tip necrosis, molecular markers and beta1-proteasome subunits associated with the slow rusting resistance genes Lr46/Yr29. Theor Appl Genet 112(3):500-508

Chili

  • Soto-Cerda BJ, Cloutier S, … Quian R (2019) Identifying drought-resilient flax genotypes and related-candidate genes based on stress indices, root traits and selective sweep. Euphytica 215:41
  • Soto-Cerda BJ, Cloutier S, et al. (2019) Genome-wide association analysis identifies QTL and candidate genes governing seed mucilage content and hull content in flax (Linum usitatissimum L.). Int J Mol Sci 19:2870

Chine

  • Zhu Z, … Cloutier S, Xia X, He Z (2019) Management of wheat Fusarium head blight through cultivar resistance in the Global North: China, USA and Canada. Crop J 7:730-738

Inde

  • Saha D, … Cloutier S, You FM (2018) Genome-wide regulatory gene-derived hypervariable SSRs reveal genetic differentiation and population structure in fibre flax genotypes. J Appl Genet 60:13-25

Iran

  • Shafiei-Koij F, Cloutier S, … Majidi MMM (2020) Evolution of Carthamus species revealed through sequence analyses of the fad2 gene family. Physiol Mol Biol Plant 26: 419-432
  • Asgarinia P, Cloutier S, … Saeidi G (2013) Mapping QTL for powdery mildew resistance in flax (Linum usitatissimum L.). Crop Sci 53:2462-2472
  • Malihipour A, … Cloutier S (2012) Molecular phylogenetic analysis, trichotecene chemotype patterns, and variation in aggressiveness among Fusarium graminearum isolates from different sources. Plant Dis 96:1016-1025

Suisse

  • Wicker T, … Cloutier S, … Keller B (2009) Analysis of intraspecies diversity in wheat and barley genomes identifies breakpoints of ancient haplotypes and provides insight in the structure of diploid and hexaploid Triticeae gene pools. Plant Physiol 149:258-270
  • Cloutier S, … Wicker T, Feuillet C, Keller B, Jordan MC (2007) A leaf rust resistance gene, Lr1, isolated from bread wheat wheat (Triticum aestivum L.), is a member of the large psr567 gene family. Plant Mol Biol 65:93-106

États-Unis

  • Wang Z, … Paterson AH, Cloutier S (2017) Tandem duplications of receptor-like kinase genes reshaped the homologous regions in Oryza sativa ssp. indica and japonica sub-genomes and their possible ancestral genomes. Mol Breeding 37:3
  • Shi G, … Cloutier S, … Faris JD (2016) Marker development, saturation mapping and high-resolution mapping of the Septoria nodorum blotch susceptibility gene Snn3-B1 in wheat. Mol Genet Genomics 291:107-119
  • Faris JD, … Cloutier S, et al. (2010) A unique wheat disease resistance-like gene governs effector-triggered susceptibility to necrotrophic pathogens. Proc Natl Acad Sci USA 107:13544-13549

 

Principales publications

  1. King C (2020) From wild to wheat. Top Crop Manager, Nov 16 2020 (https://www.topcropmanager.com/from-wild-to-wheat/)

    2020 - Consulter les détails de la publication

  2. Cloutier S (2020) Sylvie Cloutier. Wikipedia web page, Nov 1, 2020. (https://en.wikipedia.org/wiki/Sylvie_Cloutier)

    2020 - Consulter les détails de la publication

  3. Cloutier S, You F, Rashid K, Zheng C, Lam S, Khan N, He L, Xiao X, Yao J, Li P (2020) Insights into genetic structure and genomic prediction of powdery mildew resistance in flax (Linum usitatissimum L.). Proc 28th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, Jan 11-15, PO0499

    2020 - Consulter les détails de la publication

  4. Till BJ, Aravena Abarzua GA, Howard-Till R, Qian R, Gajardo H, Cloutier S, Fofana B, Soto-Cerda BJ (2020) Genomic improvement of flax using natural variation and induced mutations. Proc 28th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, Jan 11-15, W436

    2020 - Consulter les détails de la publication

  5. Ravichandran, S., Ragupathy, R., Edwards, T., Domaratzki, M., Cloutier, S. (2019). Microrna-guided regulation of heat stress response in wheat, 20(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12864-019-5799-6

    2019 - Consulter les détails de la publication

  6. Soto-Cerda, B.J., Cloutier, S., Quian, R., Gajardo, H.A., Olivos, M., You, F.M. (2018). Genome-wide association analysis of mucilage and hull content in flax (Linum usitatissimum l.) seeds, 19(10), http://dx.doi.org/10.3390/ijms19102870

    2018 - Consulter les détails de la publication

  7. Bruskiewich RM, Bett K, Booker HM, Cloutier S, You FM, Evan Staton S, Warfield A, Warfield E, Rieseberg LH (2018) Divseek Canada Initiative. Proc 26th Plant and Animal Genome Conference, San Diego, CA, January 13-17, W314 (workshop oral talk)

    2018 - Consulter les détails de la publication

  8. Sudarshan G, Kulkarni M, Akhov L, Ashe P, Shaterian H, Cloutier S, Rowland G, Wei Y, Selvaraj G (2017) QTL mapping and molecular characterization of the classical D locus controlling seed and flower color in Linum usitatissimum (flax). Sci Rep 7:15751 DOI 10.1038/s41598-017-11565-7

    2017 - Consulter les détails de la publication

  9. You FM, Jia G, Xiao J, Duguid D, Rashid K, Booker H, Cloutier S (2017) Genetic variability of 27 traits in a core collection of flax (Linum usitatissimum L.). Frontiers in Plant Science, 8:1636.

    2017 - Consulter les détails de la publication

  10. Wang, Z., Guo, H., Cloutier, S. (2017). Tandem duplications of receptor-like kinase genes reshaped the homologous chromosome 1 regions in Oryza sativa ssp. indica and japonica and their possible ancestral genomes, 37(1), http://dx.doi.org/10.1007/s11032-016-0594-4

    2017 - Consulter les détails de la publication

  11. Ragupathy R, Ravichandran S, Mahdi MSR, Reimer E, Domaratzki M, Huang D, Cloutier S (2016) Deep sequencing of wheat small RNA transcriptome reveals distinct temporal expression patterns of miRNAs in response to heat, light and UV stresses. Sci Rep 3:39373

    2016 - Consulter les détails de la publication

  12. Li P, Quan X, Jia G, Xiao J, Cloutier S, You FM (2016) RGAugury: a pipeline for genome-wide prediction of resistance gene analogs (RGAs) in plants. BMC Genomics, 17(1):852.

    2016 - Consulter les détails de la publication

  13. You, F.M., Booker, H.M., Duguid, S.D., Jia, G., et Cloutier, S. (2016). « Accuracy of genomic selection in biparental populations of flax (Linum usitatissimum L.). », The Crop Journal. doi : 10.1016/j.cj.2016.03.001

    2016 - Consulter les détails de la publication

  14. You, F.M., Duguid, S.D., Lam, I., Cloutier, S., Rashid, K.Y., et Booker, H.M. (2016). « Pedigrees and Genetic Base of Flax Cultivars Registered in Canada. », Canadian Journal of Plant Science. doi : 10.1139/CJPS-2015-0337

    2016 - Consulter les détails de la publication

  15. You, F.M., Song, Q.J., Jia, G., Cheng, Y., Duguid, S.D., Booker, H.M., et Cloutier, S. (2016). « Estimation of genetic parameters and their sampling variances for quantitative traits in the type 2 modified augmented design. », The Crop Journal, 4(2), p. 107-118. doi : 10.1016/j.cj.2016.01.003

    2016 - Consulter les détails de la publication

  16. Shi, G., Zhang, Z.-C., Friesen, T.L., Bansal, U., Cloutier, S., Wicker, T., Rasmussen, J.B., et Faris, J.D. (2015). « Marker development, saturation mapping, and high-resolution mapping of the Septoria nodorum blotch susceptibility gene Snn3-B1 in wheat. », Molecular Genetics and Genomics. doi : 10.1007/s00438-015-1091-x

    2016 - Consulter les détails de la publication

  17. McCallum, B.D., Hiebert, C.W., Cloutier, S., Bakkeren, G., Rosa, S.B., Humphreys, D.G., Marais, G.F., McCartney, C.A., Panwar, V., Rampitsch, C., Saville, B.J., et Wang, X. (2016). « A review of wheat leaf rust research and the development of resistant cultivars in Canada. », Canadian Journal of Plant Pathology, 38(1), p. 1-18. doi : 10.1080/07060661.2016.1145598

    2016 - Consulter les détails de la publication

  18. Kumar, S., You, F.M., Duguid, S.D., Booker, H.M., Rowland, G.G., et Cloutier, S. (2015). « QTL for fatty acid composition and yield in linseed (Linum usitatissimum L.). », Theoretical and Applied Genetics (TAG). doi : 10.1007/s00122-015-2483-3

    2015 - Consulter les détails de la publication

  19. Thambugala, D. et Cloutier, S. (2014). « Fatty acid composition and desaturase gene expression in flax (Linum usitatissimum L.). », Journal of Applied Genetics, 55(4), p. 423-432. doi : 10.1007/s13353-014-0222-0

    2014 - Consulter les détails de la publication

  20. Ghose, K., Selvaraj, K., McCallum, J.L., Kirby, C.W., Sweeney-Nixon, M., Cloutier, S., Deyholos, M.K., Datla, R.S.S., et Fofana, B. (2014). « Identification and functional characterization of a flax UDP-glycosyltransferase glucosylating secoisolariciresinol (SECO) into secoisolariciresinol monoglucoside (SMG) and diglucoside (SDG). », BMC Plant Biology, 14(1: Article number 82). doi : 10.1186/1471-2229-14-82

    2014 - Consulter les détails de la publication

Installation de recherche

960, avenue Carling
Ottawa, ON K1A 0C6
Canada

Affiliations

  • Chercheuse scientifique principale (SE-RES-05): Agriculture et agroalimentaire Canada (1996-)
  • Professeure adjointe: Université d’Ottawa (2015-)
  • Professeure adjointe: Université de Guelph (2015-)
  • Professeure adjointe: Université du Manitoba (1997-2016)

Language

Anglais
Français