Analyse de QTL de l’échaudure molle dans deux populations de pommes

La pomme (Malus × domestica Borkh.) est un des fruits les plus cultivés dans le monde et une des cultures les plus importantes. Avec une demande à longueur d’année, l’aptitude à la conservation est devenue un facteur important des programmes d’amélioration des pommes. L’échaudure molle est un problème qui touche les pommes entreposées au froid et qui entraîne l’enfoncement et un brunissement des tissus à la surface du fruit. Les sélectionneurs de pommes cherchent à produire de nouveaux cultivars capables de résister à l’échaudure molle et qui pourraient donc être commercialisés toute l’année. Comme les approches classiques de sélection sont longues et nécessitent beaucoup de main-d’œuvre, la sélection assistée par marqueurs représente un outil intéressant pour les sélectionneurs. Pour pouvoir utiliser cet outil en vue d’éviter les problèmes d’entreposage des pommes, nous avons utilisé le génotypage par séquençage pour générer des cartes génétiques à haute densité de deux populations F1 de pommes. Nous avons ensuite utilisé ces cartes pour cartographier les locus à caractères quantitatifs (QTL) de l’échaudure molle. Nous avons généré au total 900 millions de lectures de séquences d’ADN, mais après plusieurs étapes de filtrage de données, seulement 2 % des lectures ont été utilisées pour créer deux cartes génétiques comprenant 1918 et 2818 SNP. Deux QTL associés à l’échaudure molle ont été identifiés chez une des populations biparentales issues du parent 11W‑12‑11, une lignée de sélection avancée. L’étude montre l’utilité des technologies de séquençage de nouvelle génération pour cartographier les QTL dans les populations F1, et fournit une base pour l’utilisation de la sélection assistée par marqueurs pour améliorer l’aptitude à la conservation des pommes.