Anaerobic fungi (phylum Neocallimastigomycota): Advances in understanding their taxonomy, life cycle, ecology, role and biotechnological potential

Des champignons anaérobies (phylum Neocallimastigomycota) vivent dans le tractus gastro-intestinal des mammifères herbivores, où ils jouent un rôle important dans la dégradation des matières végétales. Les Neocallimastigomycota constituent la plus ancienne lignée divergente des champignons zoosporiques; cependant, la compréhension des relations taxinomiques (concernant aussi bien les genres que les espèces) au sein de ce phylum doit être revue. Les approches actuellement utilisées pour l’identification et la classification de ces champignons soulèvent divers problèmes, et des informations récentes laissent croire en la présence de plusieurs nouveaux taxons (possibles candidats au statut de genre) qui doivent encore être caractérisés. On connaît bien le cycle biologique et le rôle des champignons anaérobies dans le rumen, mais pas ailleurs dans le tractus gastro-intestinal des ruminants. Il faut pousser l’étude de la phase (ou des phases) « résistante » de leur cycle biologique, et celle de leur rôle et de leur importance chez d’autres herbivores. Les applications biotechnologiques des champignons anaérobies, et de leurs enzymes cellulolytiques et hémicellulolytiques hautement actives, constituent un domaine de recherche et de développement qui a connu une expansion rapide au cours des dix dernières années. Le passage à l’étude des champignons anaérobies au moyen de la génomique, de la transcriptomique et de la protéomique commence à produire de précieux résultats concernant les processus cellulaires, l’évolution, les capacités métaboliques et les adaptations uniques que présentent les Neocallimastigomycota.