Un algorithme pour trier chronologiquement des généalogies complexes sans date de naissance

L’information sur les relations génétiques additives entre les individus d’une même généalogie est essentielle dans les analyses génétiques pour l’estimation des composantes de la variance, la prédiction des valeurs génétiques et la cartographie d’association pour les locus à caractères quantitatifs (QTL), afin que les effets polygéniques de base puissent être estimés. Le calcul de la relation génétique additive à partir d’une généalogie nécessite que les individus soient classés par ordre chronologique de telle sorte que les parents apparaissent avant la descendance F. Pour ce faire, il est possible de trier les individus en fonction de leur date de naissance. Cependant, dans la pratique, les dates de naissance peuvent ne pas être disponibles pour certains individus en raison de données manquantes ou d’inexactitudes ou d’erreurs dans l’enregistrement. Dans la présente étude, nous avons dérivé un algorithme pyramidal pour obtenir des données classées chronologiquement où les parents apparaissent avant leur progéniture en fonction de l’information sur les parents intégrée à la généalogie. Un progiciel (SeqPed) fondé sur l’algorithme a été mis au point. L’ordre chronologique des individus et la matrice de relations additives calculés à partir de la généalogie d’un chien d’après la date de naissance complète étaient les mêmes que ceux calculés à partir de la généalogie et de l’ordre chronologique obtenus à l’aide du logiciel sans qu’il soit nécessaire d’indiquer la date de naissance. © Medwell Journals, 2009.