Presence, viral load and characterization of Torque teno sus viruses in liver and pork chop samples at retail

Les virus torque teno (TTV) sont très répandus chez les humains, les porcs ainsi que chez plusieurs autres espèces animales. Chez les porcs prêts à être commercialisés, la prévalence signalée va de 11 à 100 %. Dans le cadre du plan national d’échantillonnage dans les commerces de détail, une composante du Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA), nous avons prélevé 283 échantillons de foie de porc et 599 échantillons de côtelette de porc sur une période de 12 mois, dans des établissements commerciaux de 5 régions géographiques sélectionnées du Canada, afin de déterminer si des virus torque teno sus (TTSuV) étaient présents dans ces produits. Nous avons détecté des TTSuV dans 97,9 % des côtelettes de porc, avec des charges virales comprises entre 1 × 104 et 9,9 × 105 copies génomiques (CG)/g, et dans 98,6 % des échantillons de foie, avec des charges virales comprises entre 1 × 105 et 9,9 × 106 GC/g. Nous avons analysé plus en profondeur 20 échantillons positifs (10 côtelettes et 10 foies de porc) provenant de 5 régions géographiques en vue de la production d’un fragment de 305 pb pour le TTSuV1 et un fragment de 253pb pour le TTSuV2 dans la région non codante. Le TTSuV1 était présent dans les 10 échantillons de foie et les 10 échantillons de côtelette de porc tandis que le TTSuV2 a été détecté dans 10 échantillons de foie et 9 échantillons de côtelette de porc. Deux séquences différentes du TTSuV1 ont été détectées simultanément dans 5 échantillons sur 20, et 2 séquences différentes du TTSuV2 ont été détectées dans 6 échantillons sur 19. L’omniprésence des TTSuV dans les échantillons de viande de porc commercial permettrait son utilisation comme indicateur viral pour la surveillance de l’efficacité des procédés de nettoyage et de désinfection dans les abattoirs ainsi que dans les installations de découpe, de tranchage et d’emballage.