Populations, diversity and identities of bacterial endophytes in potato (Solanum tuberosum L.) cropping systems

La majorité des plantes hébergent des bactéries endophytes dont on ignore souvent l'identité et le rôle. Les auteurs ont isolé, quantifié puis identifié les bactéries endophytes présentes chez la pomme de terre cultivée après le haricot (Phaseolus vulgaris L.) ou le blé (Triticum aestivum L.) dans le cadre d'une étude sur le terrain qui devait servir à comparer les méthodes d'assolement (rotation de 3 à 6 ans) et de gestion du sol (CONV, travail classique; CONS, conservation) pour le haricot, la pomme de terre, la betterave sucrière (Beta vulgaris L.) et le blé de printemps. Les populations de bactéries endophytes cultivables varient de 2,83×103 à 7,65×103 colonies par gramme de matière sèche de racine. Les populations et la diversité des bactéries endophytes sont plus grandes avec des pratiques CONV que CONS de gestion du sol et ont tendance à être plus importantes avec les assolements longs qu'avec les assolements courts. La population d'endophytes n'a pas la même structure selon que le sol est travaillé CONV ou CONS. Un essai de polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux (T-RFLP) sur le gène 16S de l'ARNr et le séquençage subséquent de ce dernier indiquent que le sol CONS renferme plus de Proteobacteria que le sol CONV, l'inverse étant vrai pour les Acidobacteria. Bacteriodetes n'a été identifié que dans les longs assolements sur sol CONS. Cette caractérisation phylogénétique des endophytes de la pomme de terre facilitera les études qui approfondiront les effets des endophytes sur la plante hôte.