Microbiote du nasopharynx des bovins de boucherie avant et après le transport vers un parc d’engraissement
Citation
Holman, D.B., Timsit, E., Amat, S., Abbott, D.W., Buret, A.G., Alexander, T.W. (2017). The nasopharyngeal microbiota of beef cattle before and after transport to a feedlot. BMC Microbiology, [online] 17(1), http://dx.doi.org/10.1186/s12866-017-0978-6
Résumé en langage clair
En Amérique du Nord, les bovins de boucherie sont généralement transportés vers un parc d’engraissement, où ils sont engraissés avec une ration à forte teneur en céréales jusqu’au moment de l’abattage. Le syndrome respiratoire infectieux du bovin demeure la cause la plus fréquente de morbidité et de mortalité en parc d’engraissement et entraîne d’importantes pertes économiques. Les bovins sont le plus sensibles à ce syndrome après leur arrivée dans un parc d’engraissement. Récemment, il a été reconnu que le microbiote (l’ensemble des microorganismes) est essentiel à la santé respiratoire et que les bactéries commensales jouent un rôle dans l’inhibition des bactéries pathogènes. Cependant, nous disposons de peu de données sur la façon dont le microbiote respiratoire change tout au long de l’élevage des bovins et sur l’effet que les perturbations du microbiote peuvent avoir sur la croissance des agents pathogènes. Par conséquent, nous avons utilisé le séquençage de l’ADN à haut débit pour caractériser le microbiote des voies respiratoires supérieures de génisses de boucherie transportées vers un parc d’engraissement à partir d’un troupeau fermé. Dans les deux jours ayant suivi le transport vers le parc d’engraissement, le microbiote s’est considérablement modifié et sa diversité s’est accrue. De plus, l’abondance de diverses espèces bactériennes a augmenté, dont certaines espèces pathogènes connues pour infecter les voies respiratoires. Ces résultats ont montré qu’il y a un changement rapide dans le microbiote des voies respiratoires supérieures des bovins après leur transport vers un parc d’engraissement, et ce changement pourrait être important pour comprendre pourquoi les bovins sont le plus sensibles au syndrome respiratoire infectieux du bovin après avoir été transportés dans un parc d’engraissement. D’autres études seront nécessaires pour déterminer s’il serait possible de manipuler le microbiote respiratoire des bovins de façon à mieux protéger ces derniers contre le syndrome respiratoire infectieux du bovin après leur transport vers un parc d’engraissement.
Résumé
© 2017, les auteurs. Contexte : Le microbiote du nasopharynx (NP) comprend une communauté microbienne riche et diversifiée et joue un rôle important dans la santé des bovins. Le nasopharynx est également un endroit de prédilection pour les agents potentiellement pathogènes associés au syndrome respiratoire infectieux du bovin, une affection grave et coûteuse qui touche les bovins en parc d’engraissement. Nous avons utilisé 14 génisses de boucherie provenant d’un troupeau fermé et exempt de maladie pour évaluer la dynamique du microbiote dans le NP de bovins transportés vers un parc d’engraissement. Les animaux ont été échantillonnés avant le transport vers le parc d’engraissement (jour 0) et aux jours 2, 7 et 14. Résultats : La structure du microbiote du NP a considérablement changé au cours de l’étude, le changement le plus important survenant entre le jour 0 (avant le transport) et le jour 2 (P < 0,001). La diversité et la richesse phylogénétiques ont augmenté après le placement en parc d’engraissement (jour 2; P < 0,05). Les genres Pasteurella, Bacillus et Proteus étaient enrichis au jour 0, les genres Streptococcus et Acinetobacter, au jour 2, le genre Bifidobacterium, au jour 7, et le genre Mycoplasma, au jour 14. Le potentiel fonctionnel du microbiote du NP a été évalué par PICRUSt : la réplication et la réparation, ainsi que les voies de traduction, étaient relativement plus abondantes dans les échantillons du jour 14; ces différences étaient principalement dues à Mycoplasma. Même si, à un ou à plusieurs moments d’échantillonnage, les cultures prélevées chez huit bovins étaient positives pour la bactérie Pasteurella multocida, associée au syndrome respiratoire infectieux du bovin, aucune culture n’était positive pour Mannheimia haemolytica ou Histophilus somni. Conclusions : Dans la présente étude, nous avons examiné l’effet du placement en parc d’engraissement sur le microbiote du NP de bovins de boucherie sur une période de 14 jours. Dans les deux jours suivant le transport au parc d’engraissement, le microbiote du NP a changé considérablement, sa diversité phylogénétique et sa richesse s’étant accrues. Ces résultats montrent qu’il y a un changement rapide dans le microbiote du NP des bovins après le transport vers un parc d’engraissement, et ce changement pourrait être important pour comprendre pourquoi les bovins sont le plus sensibles au syndrome respiratoire infectieux du bovin après avoir été transportés dans un parc d’engraissement.