Impact of fertilizing with raw or anaerobically digested sewage sludge on the abundance of antibiotic-resistant coliforms, antibiotic resistance genes, and pathogenic bacteria in soil and on vegetables at harvest

La consommation de plantes cultivées fertilisées avec des déchets humains constitue une voie d’exposition possible aux bactéries fécales résistantes aux antibiotiques. Dans la présente étude, nous avons évalué l’abondance des bactéries et des gènes de résistance aux antibiotiques au moyen de méthodes de culture et de méthodes moléculaires. Nous avons semé divers légumes (laitue, carottes, radis et tomates) dans des parcelles de terrain fertilisées avec des matières inorganiques ou des biosolides de classe B, ou avec des boues d’épuration municipales non traitées, puis nous avons récolté les légumes quand ils ont atteint la qualité marchande. L’analyse des bactéries pathogènes viables ou des coliformes résistants aux antibiotiques par numération sur plaques a montré que la fertilisation avec les biosolides de classe B ou les boues d’épuration non traitées n’avait eu aucun effet significatif sur les légumes. Nombre de gènes ciblés associés à la résistance aux antibiotiques et à des éléments génétiques mobiles ont été détectés par PCR dans le sol et sur les légumes récoltés des parcelles n’ayant reçu aucun amendement organique. Cependant, l’année de l’épandage, les légumes récoltés des parcelles traitées avec l’un ou l’autre des engrais étaient porteurs de gènes cibles non détectés en l’absence d’amendement. Plusieurs gènes cibles évalués par PCRq étaient considérablement plus abondants sur les légumes récoltés des parcelles traitées aux boues d’épuration que sur les légumes témoins durant l’année de l’épandage, tandis qu’aucun effet n’a été observé sur les légumes récoltés l’année suivante. Dans l’ensemble, les résultats de la présente étude donnent à penser que produire des légumes dans un sol fertilisé avec des déchets humains sans prévoir de délai ou de prétraitement appropriés se traduira par une charge additionnelle de gènes de résistance aux antibiotiques sur les légumes récoltés. La gestion de l’exposition humaine aux gènes de résistance aux antibiotiques présents dans les déchets humains doit passer par des pratiques agricoles judicieuses.