Escherichia coli O157:H7 super-shedder and non-shedder feedlot steers harbour distinct fecal bacterial communities

Escherichia coli O157:H7 est un important pathogène humain transmis par les aliments qui provoque des maladies dans le monde entier. Les bovins constituent un important réservoir de cet agent pathogène, et ceux qui excrètent E coli O157:H7 à >104 CFU/g de matières fécales sont qualifiés de « super-excréteurs ». Le système digestif des mammifères héberge une communauté microbienne diversifiée, mais on ignore si la structure de cette communauté diffère, chez les bovins super-excréteurs, de celle de leurs compagnons d’enclos non excréteurs. Nous avons émis l’hypothèse que l’état des super-excréteurs est le résultat d’une dysbiose intestinale de la communauté microbienne et qu’un microbiote « normal » empêche E. coli O157:H7 d’atteindre les niveaux des supers‑excréteurs. Pour répondre à cette question, nous avons appliqué 454 pyroséquençage du gène bactérien ARNr 16S pour caractériser les communautés bactériennes fécales de onze super-excréteurs et de onze compagnons d’enclos contemporains non porteurs d’E. coli O157:H7. Nous avons analysé l’ensemble de données à l’aide de cinq méthodes de regroupement indépendantes afin de limiter les biais et d’accroître la solidité des résultats. L’ensemble de nos analyses indiquent la présence de variations importantes entre la composition de la flore microbiome des bovins super-excréteurs et celle des bovins non excréteurs. Les super-excréteurs ont affiché une flore bactérienne plus riche et diversifiée que celle des non-excréteurs. En outre, 72 unités taxonomiques opérationnelles, appartenant pour la plupart aux phylums Firmicutes et Bacteroidetes, ont été identifiées, ce qui démontre la différence d’abondance entre ces deux groupes de bovins. L’affiliation des unités taxonomiques opérationnelles donne un nouvel aperçu des populations bactériennes qui sont présentes dans les fèces des super‑excréteurs de E. coli O157:H7.