Development of an Adonis aestivalis expressed sequence tag population as a resource for genes of the carotenoid pathway

Les banques d’étiquettes de séquences exprimées (EST) constituent un puissant outil en vue de l’identification de gènes chez des génomes qui n’ont pas encore été pleinement séquencés. L’Adonis aestivalis (Renonculacées) est exceptionnel parmi les plantes supérieures en ce qu’il accumule de grandes quantités d’un précieux cétocaroténoïde rouge, l’astaxanthine, dans les pétales ainsi que plusieurs autres caroténoïdes. Ainsi, il devrait s’avérer une riche source de transcrits impliqués dans la synthèse des caroténoïdes. Afin de créer une ressource pour l’identification de gènes et augmenter la compréhension de la synthèse des cétocaroténoïdes chez les plantes, les auteurs ont séquencé 4189 ADNc clonés à partir des tissus floraux de l’A. aestivalis. La collection d’EST a été annotée en interrogeant les banques de données existantes pour trouver des homologies de séquence avec les EST d’A. aestivalis. Les EST impliqués dans la synthèse des caroténoïdes ont été identifiés sur la base de leur homologie avec des séquences publiées ainsi que sur la base de prédictions fonctionnelles à l’aide d’InterProScan. Cette étude a identifié des transcrits exprimés pour la plupart des gènes connus comme étant impliqués dans le sentier des caroténoïdes. À l’aide d’un système d’expression fonctionnelle chez E. coli, deux transcrits candidats de la banque d’ADNc de l’A. aestivalis ont été caractérisés quant à leur fonction et ont été identifiés comme étant une β-carotène-3-hydroxylase (CrtH2) et une β-carotène-monooxygénase inédites. L’utilisation à plus grande échelle de cette collection d’EST, en combinaison avec le système d’expression chez E. coli tel qu’illustré dans ce travail, facilitera grandement le clonage et la caractérisation de gènes candidats impliqués dans la synthèse des caroténoïdes chez les plantes.