Comparison of different RT-qPCR assays for the detection of human and bovine group A rotaviruses and characterization by sequences analysis of genes encoding VP4 and VP7 capsid proteins

Dans les travaux présentés ici, nous avons comparé la performance de 4 tests de RT‑qPCR pour la détection des rotavirus humains et bovins du groupe A et pour la caractérisation des échantillons positifs par l’analyse de la séquence des gènes VP4 et VP7.
Méthodes et résultats : Au moyen de différents systèmes de détection par RT‑qPCR, nous avons analysé l’ARN extrait de 8 souches de rotavirus humains ainsi qu’un ensemble de 33 échantillons de matières fécales humaines et de 25 échantillons de matières fécales bovines. Seuls les systèmes de RT‑qPCR avec amorces et sondes B et C ont permis de détecter toutes les souches de rotavirus humains des solutions de cultures cellulaires et des échantillons de matières fécales. Les résultats ont toutefois révélé que le système C est généralement plus sensible (par un facteur d’un ou deux logs) que les autres systèmes évalués. Dans le cas d’échantillons de matières fécales bovines, les systèmes de RT‑qPCR B et A étaient les plus efficaces : ils ont permis de détecter les virus de 100 et 92 % des échantillons, respectivement. Les rotavirus du groupe A humains G1P[8] et bovins G6P[11] ont été les souches le plus souvent mises en évidence dans cette étude. La souche A G3P[9], très proche d’un rotavirus félin isolé aux États-Unis, a aussi été découverte dans un cas d’infection à rotavirus chez l’humain.
Conclusion : Le système de RT‑qPCR B était le seul test avec TaqMan de l’étude qui a permis de détecter l’ARN du rotavirus dans tous les échantillons positifs de matières fécales humaines et bovines.
Importance et impact de l’étude : L’utilisation d’une seule méthode de RT‑qPCR pour détecter les rotavirus A humains et bovins du groupe et la possibilité d’une infection humaine par une souche de rotavirus félin.