Biodiversity and composition of methanogenic populations in the rumen of cows fed alfalfa hay or triticale straw

On sait que les méthanogènes sont responsables des émissions de méthane ruminales, mais les données quantitatives sur la composition des communautés de méthanogènes dans le rumen des bovins sont encore limitées. Nous avons analysé l’ARNr (PCR, clonage, séquençage) d’échantillons du rumen, puis l’avons utilisé comme sonde pour examiner la diversité et la composition des communautés de méthanogènes du rumen de vaches nourries au foin de luzerne ou à la paille de triticale. Avec des sondes d’oligonucléotides que nous avons conçues, l’évaluation quantitative de l’hybridation in situ en fluorescence nous a permis d’identifier cinq populations ou groupes majeurs de méthanogènes chez ces animaux : le groupe Methanobrevibacter TMS (composé de Methanobrevibacter thaueri, de Methanobrevibacter millerae et de Methanobrevibacter smithii) et les méthanogènes apparentés aux espèces suivantes : Methanbrevibacter ruminantium-, Methanosphaera stadtmanae-, Methanomicrobium mobile- et Methanimicrococcus- spp. Les méthanogènes du groupe TMS et ceux apparentés au M. ruminantium représentaient, en moyenne, 46 % du nombre total de méthanogènes de la phase liquide (Liq) du contenu ruminal et 41 % , de ceux de la phase solide (Sol). Parmi les autres méthanogènes importants dans les phases Liq et Sol, mentionnons M. stadtmanae (15 % et 33 %), M. mobile (17 % et 12 %) et des Methanimicrococcus (23 % et 9 %). L’abondance relative de ces méthanogènes dans la communauté variait selon l’animal et le régime alimentaire. Les techniques de clonage n’ont pas permis d’établir de différence claire dans la composition des communautés en fonction du régime alimentaire. Cette étude vient souligner la diversité des communautés de bactéries méthanogènes dans le rumen des vaches.