Assessment of a new Bacteroidales marker targeting North American beaver (Castor canadensis) fecal pollution by real-time PCR

Dans bien des situations, les animaux sauvages peuvent être une source non négligeable de pathogènes d’origine fécale dans les eaux de surface. Ainsi, le castor (Castor Canadensis) est un réservoir de plusieurs pathogènes pour l’être humain tels que des Cryptosporidium et des Giardia. Pour détecter la pollution d’origine fécale attribuable aux castors, nous avons mis au point et validé un marqueur des bactéroïdales spécifique du castor appelé Beapol01, d’après le gène de l’ARNr 16S. Ce marqueur permet de quantifier la pollution par PCR en temps réel. Doté d’une excellente spécificité et d’une grande sensibilité, il a permis de détecter le signal du castor dans l’eau d’un bassin hydrographique d’usages mixtes où vit ce rongeur. Le marqueur Beapol01 devrait permettre de mieux comprendre les apports de microorganismes d’origine fécale dans les bassins hydrographiques où vit le castor.