A specific and sensitive method for the detection of Colletotrichum lindemuthianum in dry bean tissue
Citation
Chen, Y.-Y., Conner, R.L., Gillard, C.L., Boland, G.J., Babcock, C., Chang, K.F., Hwang, S.F., et Balasubramanian, P.M. (2007). « A specific and sensitive method of detection of the bean anthracnose fungus Colletotrichum lindemuthianum in the dry bean tissue. », Plant Disease, 91(10), p. 1271-1276. doi : 10.1094/PDIS-91-10-1271
Résumé
En vue de faciliter le diagnostic précoce de l’anthracnose du haricot et d’en améliorer le contrôle, nous avons mis au point une méthode de PCR rapide, spécifique et sensible pour détecter l’agent étiologique de cette maladie, Colletotrichum lindemuthianum, dans la graine de haricot (Phaseolus vulgaris). D’après les données de séquence obtenues de GenBank sur l’ADNr 5,8S et les espaceurs transcrits internes ITS 1 et 2 de quatre races de C. lindemuthianum et de 17 espèces de Colletotrichum, nous avons conçu cinq amorces sens et en avons évalué la spécificité. Nous en avons choisi une parmi les cinq et l’avons utilisée en association avec l’ITS4 pour détecter spécifiquement le C. lindemuthianum. Nous avons constaté qu’une bande précise de 461 pb a été amplifiée à partir du génome d’ADN de 16 isolats représentatifs de C. lindemuthianum, mais non à partir des 58 isolats représentatifs de 17 autres espèces de Colletotrichum ni de dix autres pathogènes du haricot. De plus, pour améliorer la sensibilité de la détection, nous avons utilisé la PCR nichée, qui a permis de détecter aussi peu que 10 fg d’ADN génomique de C. lindemuthianum et 1 % de poudre de graines infectées mélangée à 99 % de poudre de graines saines. L’analyse diagnostique peut être faite en 24 heures, une nette amélioration par rapport aux deux semaines requises pour la culture du champignon. En outre, cette méthode peut être réalisée et ses résultats peuvent être interprétés par des gens qui ne sont pas nécessairement des spécialistes de la taxonomie.