Selection, phenotyping and identification of acid and hydrogen peroxide producing bacteria from vaginal samples of Canadian and East African women

La vaginose bactérienne (VB), une affection répandue mais mal comprise, augmente la vulnérabilité à l’infection par le VIH et est associée à l’absence de Lactobacillus producteurs de H₂O₂. Les bactéries lactiques (BL) vaginales produisent des facteurs anti‑VIH tels que des acides organiques et du peroxyde d’hydrogène (H₂O₂), et peuvent se lier aux particules du VIH et les inactiver au moment de la capture du mannose. Ces facteurs définissent les critères éventuels pour la sélection initiale des probiotiques candidats pouvant bloquer la transmission hétérosexuelle du VIH. Notre étude visait donc principalement la caractérisation de la production d’acide par fermentation du mannose et la production de H₂O₂ dans les isolats vaginaux d’adolescentes canadiennes (192 isolats, 16 femmes) et de travailleuses du sexe de Nairobi, au Kenya (576 isolats, 96 femmes). La sélection des isolats à l’aide des milieux de détection du H₂O₂ a laissé croire à un profil idiosyncrasique et à une grande diversité phénotypique, et a permis la mise en évidence d’un sous‑ensemble d’isolats fortement producteurs d’acide et de H₂O₂ présentant des phénotypes semblables à ceux de souches probiotiques bien caractérisées. L’empreinte macromoléculaire des isolats déterminée par électrophorèse capillaire des amplicons des espaceurs intergéniques de l’ARNr 16S‑23S a été combinée au séquençage de la cible universelle (CU) chaperonine‑60 (cpn60) dans un sous‑ensemble, permettant ainsi une première identification de 96 % des isolats, bien que seulement 19 % aient été séquencés. La plupart des isolats appartenaient aux genres Lactobacillus, Streptococcus, Bifidobacterium ou Gardnerella; nous avons trouvé, au total, 37 espèces de 15 genres ainsi que 5 nouveaux organismes potentiels. Cette sensibilité a probablement été augmentée par la sélection fondée sur le phénotype faite sur deux milieux chromogènes. L’identification des isolats fortement producteurs d’acide et de H₂O₂ pourrait fournir une base rationnelle pour la sélection et la caractérisation approfondie des probiotiques vaginaux, lesquels pourraient être utilisés dans le cadre des initiatives mises de l’avant dans l’ouest du Canada et en Afrique de l’Est pour prévenir l’infection par le VIH.