Pyrosequencing reveals the impact of foliar fungicide application to chickpea on root fungal communities of durum wheat in subsequent year

L’application fréquente de fongicide foliaire est essentielle à la production de pois chiches en raison de la sensibilité de la plante à l’ascochytose. Le chlorothalonil, la pyraclostrobine et le boscalide sont couramment utilisés pour lutter contre cette maladie en Saskatchewan. Même si les fongicides ciblent des pathogènes précis, ils peuvent avoir des effets sur des organismes non visés et modifier la structure des communautés microbiennes du sol. Au cours d’une expérience au champ de deux ans, nous avons étudié les effets d’un programme typique d’application de fongicide foliaire en cinq temps destiné aux cultures de pois chiches CDC Vanguard sur les communautés fongiques associées aux racines séminales et adventices du blé dur. Les communautés fongiques des racines ont été caractérisées par l’analyse de la région de l’ITS1 de l’ADN du métagénome des racines, au niveau du genre. Cent sept genres fongiques ont été détectés dans les racines du blé dur. Le Fusarium était prédominant au cours des deux années de l’étude. Nous avons observé une interaction à trois éléments de l’application du fongicide, du type de racines et de l’année sur la structure de la communauté fongique. Contrairement au Fusarium, l’abondance relative des genres Olpidium, Alternaria et Cryptococcus était supérieure en 2010, une année très pluvieuse. L’application de fongicide aux pois chiches a augmenté l’abondance relative du Fusarium dans les racines séminales d’une culture de blé dur subséquente, en 2009, sans influer sur l’abondance relative du Fusarium en 2010. L’application de fongicide sur les pois chiches n’a pas eu d’effet significatif sur le rendement du blé dur l’année suivante. Dans cet article, nous discutons de l’effet des changements dans les communautés fongiques des racines du blé sur le rendement grainier du blé dur.