Prédiction efficace des interactions protéines-protéines à une échelle globale chez l’humain

Citation

Schoenrock A, Samanfar B, Pitre S, Hooshyar M, Jin K, Phillips CA, Wang H,
Phanse S, Omidi K, Gui Y, Alamgir M, Wong A, Barrenäs F, Babu M, Benson M,
Langston MA, Green JR, Dehne F, Golshani A. Efficient prediction of human
protein-protein interactions at a global scale. BMC Bioinformatics. 2014 Dec
10;15:383. doi: 10.1186/s12859-014-0383-1. PubMed PMID: 25492630; PubMed Central
PMCID: PMC4272565.

Résumé en langage clair

Nous examinons ici la possibilité de prédire les IPP uniquement avec des données de séquence chez différents organismes comme S. pombe, C. elegans, E. coli et l’humain. Outre notre publication précédente du criblage pangénomique de l’interactome de S. cerevisiae, nous présentons ici deux nouveaux criblages pangénomiques (S. pombe et C. elegans) ainsi que la validation et l’analyse des interactions prédites. Nous explorons également l’interactome humain.

Résumé

Cette étude présente un aperçu des principales techniques expérimentales (technique du double hybride de levure, purification par affinité en tandem et puces à protéines) qui ont été utilisées pour découvrir des interactions protéines-protéines (IPP) et explique brièvement certaines méthodes informatisées de prédiction des interactions protéiques qui sont fondées sur la localisation de gènes, l’information phylogénétique, la modélisation structurale en 3D ou des données sur la séquence primaire des protéines. En raison de l’applicabilité à grande échelle des méthodes fondées sur les séquences primaires, les auteurs ont retenu cette approche pour la présente étude. Celle-ci se concentre sur le récent algorithme PIPR (moteur de prédiction des interactions protéines-protéines), qui permet de prédire les IPP globales. Les lecteurs découvriront les avancées récentes de la détermination des interactions protéiques ainsi que les stratégies disponibles pour tenter d’anticiper ces interactions sans avoir à investir le temps et l’argent des travaux expérimentaux.

Date de publication

2014-12-10

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