Bahram Samanfar, Ph. D.
Dr Bahram Samanfar est chercheur scientifique au CRD d’Ottawa d’AAC et professeur auxiliaire au Département de biologie de l’Université Carleton. Ce généticien moléculaire et spécialiste de la génomique appliquée possède des connaissances sur la mise au point de marqueurs moléculaires propres à des allèles, les cartes de recombinaison, la sélection assistée par marqueurs, la génomique fonctionnelle, la biologie computationnelle et la bioinformatique, particulièrement en lien avec le soja.
Recherche et / ou projets en cours
Le soja est l’une des plantes cultivées les plus importantes dans le monde, entre autres sur le plan économique. Cette plante est une source d’huile et de protéines végétales pour les humains et les animaux. La culture du soja est en hausse au Canada depuis 2000. Fait intéressant à noter, sa production dans l’ouest du Canada a récemment gagné du terrain. Le Canada dispose de toutes les ressources nécessaires pour étendre la culture du soja, notamment vers le nord et vers l’ouest. Pour y parvenir, certaines difficultés doivent être surmontées, notamment en ce qui concerne le temps de floraison et de maturation, la teneur en protéines, les organismes nuisibles et les maladies. Dans mon laboratoire, nous essayons de résoudre ces difficultés grâce à la génomique, à la génomique fonctionnelle et à la bioinformatique.
Dr. Bahram Samanfar (Ph. D.) est chercheur scientifique au CRD d’Ottawa d’AAC et professeur auxiliaire au Département de biologie de l’Université Carleton. Ce généticien moléculaire et spécialiste de la génomique appliquée possède des connaissances sur la mise au point de marqueurs moléculaires propres à des allèles, les cartes de recombinaison, la sélection assistée par marqueurs, la génomique fonctionnelle, la biologie computationnelle et la bioinformatique, particulièrement en lien avec le soja.
Énoncés de recherches/projets
- Identification et caractérisation de nouveaux gènes de soja intervenant dans :
- la période de floraison et de maturation;
- la synthèse des protéines des graines;
- les voies de synthèse importantes sur le plan économique.
- Mise au point de marqueurs propres à des allèles (sélection assistée par marqueurs chez le soja).
- Analyse des interactions hôte-pathogène chez le soja (nématode à kyste du soja).
- Identification et caractérisation de nouveaux gènes intervenant dans l’établissement des attributs santé liés à la consommation de soja (santé humaine et allergies).
- Génomique et génomique fonctionnelle (biologie systémique) du soja, de la levure et d’E. coli.
- Bioinformatique et biologie computationnelle (génomique fonctionnelle du soja).
Activités professionnelles / intérêts
Génomique, protéomique et transcriptomique du soja, biologie cellulaire et moléculaire, biotechnologie, génétique et génomique végétales, marqueurs ADN, mise au point de marqueurs propres à des allèles, biologie systémique, sélection moléculaire, interactions hôte-pathogène, bioinformatique, biologie computationnelle, analyses QTL et GWAS, période de floraison et de maturation (génétique de la sensibilité à la photopériode) chez le soja, protéines des graines de soja, génomique fonctionnelle des attributs santé du soja, allergies, voie de synthèse des protéines des graines de soja, microbiologie, voie de synthèse (traduction) des protéines chez la levure et E. coli, interactions protéines-protéines (IPP) et interactions génétiques (IG).
Prix et études
Ph.D. (Université Carleton, Canada)
M.Sc. (Université Paul-Sabatier, France)
M.Sc. (Université de Téhéran, Iran)
B.Sc. (Université de Téhéran, Iran)
Liens additionnels
https://bahramsamanfar.wixsite.com/samanfarlab
https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=HfYsijsAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
Principales publications
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Julia C. Hooker, Elroy R. Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: SWEET sugar transporters are differentially expressed between soybeans grown in Eastern and Western Canada. Soy2022 (Virtual), 2022 USA
2022 - Consulter les détails de la publication
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Nour Nissan, Elroy Cober, Jim Green, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Bioinformatics and Molecular Biology Approach to Identifying Novel Sources of Resistance Against a Terrible Yield Robber, SCN. Soy2022
2022 - Consulter les détails de la publication
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Simon Lackey, Elroy Cober, Andrew Bird, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Introgression of early maturity alleles from wild soybean (Glycine soja) to domesticated cultivars (Glycine max). 19th Annual OCIB Symposium, Ottawa Carleton Institute of Biology, 2022 Canada
2022 - Consulter les détails de la publication
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Western Soybean Protein. Presentation at Northern Soybean Summit. Soy Canada. 25 January 2022.
2022 - Consulter les détails de la publication
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Simon Lackey, Elroy Cober, Andrew Bird, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Identification of novel maturity-related QTLs in a G.max/G.soja RIL population. Canadian Society of Plant Biologists(CSPB-SCBV), eastern meeting, 2021 Canada.
2021 - Consulter les détails de la publication
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Nour Nissan, Elroy Cober, Steve Molner, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Revealing the Truth Behind A Previously Presumed Locus, E6, in Soybean Variety Paranagoiana.Canadian Society of Plant Biologists(CSPB-SCBV) eastern meeting, 2021 Canada.
2021 - Consulter les détails de la publication
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Arezo Pattang, Elroy Cober, Stephen J. Molnar, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Moving Soybean to Western Canada and Northern Regions, an Attempt to Identify the Underlying Gene for the E7 Maturity Locus. Carleton University Life science day 4.1, 2021 Canada; and 18th Annual OCIB, Ottawa Carleton Institute of Biology Symposium, 2021 Canada.
2021 - Consulter les détails de la publication
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Julia Hooker, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Identifying differentially expressed genes involved in low seed protein in western Canadian soybeans. 18th Annual OCIB Symposium, Ottawa Carleton Institute of Biology , 2021 Canada.
2021 - Consulter les détails de la publication
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3- Nour Nissan, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Proteome-wide computational approaches to identify novel genes involved in soybean resistance to SCN. 18th Annual OCIB, Ottawa Carleton Institute of Biology Symposium, 2021 Canada.
2021 - Consulter les détails de la publication
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Julia Hooker, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Differentially expressed genes involved in low seed protein content in western-Canadian soybeans (Glycine max) identified through transcriptomics. Canadian Society of Plant Biologists(CSPB-SCBV) 2021 Canada [Oral].
2021 - Consulter les détails de la publication
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Soybean grown in latitudes of ~20˚ or lower, produce reduced grain yield due to the shorter days within those latitudes. One way to overcome this limitation is by growing varieties carrying the long juvenile (LJ) trait, identified as the J gene, Glyma.04g050200. The LJ trait allows the plant to remain in the vegetative state for a much longer period, delays flowering and produces higher yields. In this study, we sought to determine if E6 and J are the same locus or linked loci as they were mapped to the same location on Chromosome 4. PCR and sequencing reactions of contrasting soybean lines identified the presence of a Ty1-copia retrotransposon within the 4th exon of the J gene in soybean line ”Paranagoiana”, where the E6 locus was first mapped. This was confirmed to impact the mRNA of the gene through further cDNA sequencing of Glyma.04g050200. Our results show that the previously identified soybean maturity locus, E6, does not exist, and that the LJ trait seen in Paranagoiana is due to a new variation in J which we deemed j-x.
2021 - Consulter les détails de la publication
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Julia Hooker, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Transcriptome -wide approach to identifying differentially expressed genes involved in low seed protein content in western-Canadian soybeans, Glycine max. Carleton University Life science day 4.1, 2021, Canada.
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Nissan, N., Cober, E.R., Sadowski, M., Charette, M., Golshani, A., Samanfar, B. (2021). Identifying new variation at the J locus, previously identified as e6, in long juvenile ‘Paranagoiana’ soybean. Theoretical and Applied Genetics (TAG), [online] 134(4), 1007-1014. http://dx.doi.org/10.1007/s00122-020-03746-2
2021 - Consulter les détails de la publication
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Nour Nissan, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Soybean cyst nematode (SCN): overcoming the tiny beast below the surface. Ontario Soybean and Canola Committee (OSACC), 2021, Canada [Oral].
2021 - Consulter les détails de la publication
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Julia Hooker, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Identification of differentially expressed genes involved in seed protein content in soybean, Glycine max. Soybean breeders workshop, 2021, Canada.
2021 - Consulter les détails de la publication
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Nour Nissan, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: Identifying new variation and the J locus previously known as E6 in soybean (Glycine max). Soybean breeders workshop, 2021, Canada.
2021 - Consulter les détails de la publication
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Dick, K., Samanfar, B., Barnes, B., Cober, E.R., Mimee, B., Tan, L.H., Molnar, S.J., Biggar, K.K., Golshani, A., Dehne, F., Green, J.R. (2020). PIPE4: Fast PPI Predictor for Comprehensive Inter- and Cross-Species Interactomes. Scientific Reports, [online] 10(1), http://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-56895-w
2020 - Consulter les détails de la publication
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Julia Hooker, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: DTranscriptome-wide approach to address lower seed protein content in soybean grown in Western Canada, Canadian Society of Plant Biologists(CSPB-SCBV) eastern meeting, 2021 Canada.
2020 - Consulter les détails de la publication
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Arezo Pattang, Elroy Cober, Ashkan Golshani, Bahram Samanfar: A functional genomics approach in identifying the underlying gene for the E8 maturity locus in soybean (Glycine max). Canadian Society of Plant Biology (CSPB) virtual conference, 2020, Canada [oral].
2020 - Consulter les détails de la publication
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Julia Hooker, Bahram Samanfar, Elroy Cober, Ashkan Golshani: Identification of differentially expressed genes involved in seed protein content in soybean, Glycine max. Canadian Society of Plant Biology (CSPB) virtual conference, 2020, Canada [oral].
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Installation de recherche
Expertise
Affiliations
- Professeur de recherche auxiliaire, Département de biologie, Université Carleton.