N (FR)Mise au point et utilisation d’une méthode de qPCR multiplexe pour la détection et la quantification simultanées de Pratylenchus alleni et P. penetrans au Québec, au Canada

2018 The American Phytopathological Society. Les nématodes des racines sont des nématodes parasitaires très communs qui s’attaquent à une vaste gamme de végétaux. On peut trouver simultanément plus d’une espèce dans un champ, et chacune a des effets différents sur le rendement des cultures. Malheureusement, il est très difficile et chronophage de les identifier à l’aide des critères morphométriques classiques. L’espèce Pratylenchus alleni a été récemment observée au Canada pour la première fois, et a été associée à des dégâts graves dans un champ de soja de la province de Québec. L’espèce principale, P. penetrans, est aussi connue pour être endémique au Québec, mais aucune donnée n’existe sur sa distribution dans les grandes cultures. C’est la raison pour laquelle nous avons mis au point un essai de PCR quantitatif multiplexe pour détecter et quantifier simultanément P. alleni et P. penetrans. La méthode s’est avérée spécifique et sensible, et a permis de détecter systématiquement une seule larve dans un échantillon de sol de 100 cm3, sans amplification croisée d’autres espèces, même lorsque leur nombre dépassait celui de l’espèce cible. Un témoin positif exogène interne a été ajouté à l’essai pour éviter les faux négatifs attribuables à la présence d’inhibiteurs de la PCR. Cet essai a servi à étudier la distribution de P. alleni et de P. penetrans dans 185 champs de soja des grandes zones de production de soja du Québec au cours d’une étude de trois ans. Globalement, P. penetrans était présent dans 42 % des champs, P. alleni dans 8 %, et les deux espèces dans 4 %. La densité de population de P. alleni dans les champs positifs était très faible, et seulement quelques larves ont été détectées. Toutefois, la densité de P. penetrans était beaucoup plus élevée : la moyenne provinciale était de 51,7 nématodes par 100 cm3 de sol (dans les échantillons positifs), et 8 % des champs (15 sur 185) dépassaient le seuil économique théorique. Il existait une forte corrélation entre la présence de P. penetrans et la texture du sol, les sols légers étant les plus favorables.