Molecular and morphological differentiation of Colletotrichum truncatum from scentless chamomile and selected crop species

L’agent pathogène fongique Colletotrichum truncatum est un agent potentiel de lutte biologique contre la matricaire inodore (Matricaria perforata), une mauvaise herbe de l’Ouest canadien. Les isolats de ce bioherbicide potentiel issu de la matricaire inodore ne peuvent pas être différenciés morphologiquement des agents pathogènes qui causent l’anthracnose chez la lentille et le petit pois, ce qui, advenant sont utilisation, soulève des questions quant à la sécurité des productions de la région. Les régions de l’espaceur transcrit interne (ITS) de l’ADN ribosomal (ADN-r) de C. truncatum provenant de la matricaire inodore ainsi que de plusieurs cultures ont été examinées afin d’y déceler des différences génétiques. Des fragments de l’ITS de l’ADN-r de 63 isolats ont été amplifiés à l’aide des amorces Its4 et Its5 puis séquencés. Les fragments de l’ADN-r des isolats de la matricaire inodore mesuraient 571 bp; ceux des lentilles, 566 bp; ceux des petits pois, 558 ou 559 bp; et ceux du soja, 555 bp. L’analyse phylogénétique faisant appel aux méthodes de parcimonie et de « neighbour joining » a permis de diviser ces présumés isolats de C. truncatum en quatre groupes qui coïncidaient avec l’origine de l’hôte. Tous les isolats de la matricaire inodore se sont retrouvés dans le même groupe, indépendamment de leurs origines géographiques, et étaient intimement apparentés aux isolats de C. truncatum issus des lentilles. Morphologiquement, les isolats de la matricaire inodore, des lentilles et des petits pois possédaient des conidies de formes et de dimensions similaires, tandis que ceux du soja portaient des conidies beaucoup plus longues et falciformes ainsi que des appresseurs un peu plus gros. À partir des données des séquences, des amorces PCR spécifiques de la souche ont été conçues pour les isolats de C. truncatum issus de chaque hôte et utilisées pour amplifier des fragments précis d’ADN-r (marqueurs). Cette méthode moléculaire était sensible et spécifique de la souche quant à la détection et à la différenciation des isolats de Colletotrichum issus de la matricaire inodore, des lentilles, des petits pois et du soja. Elle peut par conséquent être utilisée comme outil de suivi et de surveillance en évaluation des risques environnementaux relativement à l’utilisation de l’agent du bioherbicide.