Le monoazide de propidium améliore la quantification des spores dormantes de Plasmodiophora brassicae par qPCR
Citation
Al-Daoud, F., Gossen, B.D., Robson, J., McDonald, M.R. (2017). Propidium monoazide improves quantification of resting spores of plasmodiophora brassicae with qPCR. Plant Disease, [online] 101(3), 442-447. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-05-16-0715-RE
Résumé en langage clair
Plasmodiophora brassicae, qui cause la hernie des cultures de Brassica, survit dans le sol sous forme de spores dormantes ayant une longue durée de vie. Une technique moléculaire connue sous le nom d’analyse par réaction en chaîne par polymérase quantitative (qPCR) est souvent utilisée pour déterminer la concentration des spores au repos, mais cette approche ne fait pas la distinction entre l’ADN des spores viables (vivantes) et celui des spores non viables. L’effet du prétraitement des spores avec du monoazide de propidium (PMA), qui inhibe l’amplification de l’ADN des spores non viables, a été évalué dans le cadre de plusieurs expériences. Des suspensions de spores de trèfles immatures et matures ont été traitées à la chaleur, puis des analyses PMA-PCR et des essais biologiques (semis sensibles cultivés dans un sol infesté de spores de trèfles traitées) ont été effectués pour évaluer la viabilité des spores. Avant le traitement thermique, les évaluations comparant la PMA-PCR à la qPCR ont indiqué que la majorité des spores matures étaient amplifiées dans la PMA-PCR, ce qui indique que la plupart de ces spores étaient viables. Cependant, seule une faible proportion (< 26 %) des spores immatures ont été amplifiées. Des essais biologiques ont montré que la gravité de la hernie était beaucoup plus élevée chez les sujets inoculés avec des spores matures qu’avec des spores immatures. Le traitement thermique n’a produit que peu ou pas de changement dans les estimations de spores matures par qPCR, mais les estimations de spores par PMA-PCR et la gravité de la hernie dans les essais biologiques étaient toutes deux considérablement réduites. Les estimations de la concentration de spores obtenues par PMA-PCR étaient beaucoup moins cohérentes pour les spores immatures. Pour faciliter l’utilisation de la PMA-PCR dans le sol, nous avons mis au point un protocole simple d’extraction des spores du sol qui a permis d’obtenir une efficacité d’extraction supérieure à celle des protocoles classiques.
Résumé
© Sa Majesté la Reine du chef du Canada, représentée par le ministre de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire du Canada. Plasmodiophora brassicae, qui cause la hernie des cultures de Brassica, persiste dans le sol sous forme de spores dormantes à longue durée de vie. L’analyse par réaction en chaîne de la polymérase (qPCR) quantitative est souvent utilisée pour quantifier les spores dormantes, mais elle ne fait pas la distinction entre l’ADN des spores viables et celui des spores non viables. L’effet du prétraitement des spores avec du monoazide de propidium (PMA), qui inhibe l’amplification de l’ADN de microorganismes non viables, a été évalué dans le cadre de plusieurs expériences. Des suspensions de spores de trèfles immatures et matures ont été traitées à la chaleur; nous avons ensuite effectué des analyses PMA-PCR et des bioessais pour évaluer la viabilité des spores. Avant le traitement thermique, les évaluations comparant la PMA-PCR à la qPCR pour les spores matures étaient similaires, ce qui indique que la plupart de ces spores étaient viables. Cependant, seule une faible proportion (< 26 %) des spores immatures ont été amplifiées par PMA-PCR. Des essais biologiques ont montré que la gravité de la hernie était beaucoup plus élevée chez les sujets inoculés avec des spores matures qu’avec des spores immatures. Le traitement à la chaleur n’a produit que peu ou pas de changement dans les estimations de spores matures par qPCR, mais les estimations de spores par PMA-PCR et la gravité de la hernie dans les essais biologiques étaient toutes deux considérablement réduites. Les estimations de la concentration de spores obtenues par PMA-PCR étaient moins cohérentes pour les spores immatures. Pour faciliter l’utilisation de la PMA-PCR dans les sols infestés, nous avons mis au point un protocole d’extraction des spores du sol plus efficace que les méthodes classiques.