Le génotypage par séquençage et son utilisation dans les travaux de recherche sur la génomique de l’avoine
Citation
Fu YB, and Yang MH. 2016. Genotyping-by-sequencing and its application to oat genomic research. In: Sebastian Gasparis (ed) Oat – Methods and Protocols. Springer Science+Business Media New York, pp 169-187
Résumé en langage clair
L’avoine est l’une des plus importantes cultures, non seulement au Canada, mais aussi dans le monde. L’amélioration génétique de l’avoine est relativement lente, par rapport à celle d’autres cultures comme le riz ou le maïs, surtout en raison de complexité du génome de l’avoine. Les récentes avancées dans le séquençage de l’ADN ont permis de mettre au point de nombreuses technologies qui peuvent faire progresser la recherche en génétique de l’avoine. L’une de ces technologies est le génotypage par séquençage (GS), un processus à une étape qui combine la recherche de marqueurs moléculaires et le génotypage de plantes. Pour faciliter une utilisation du GS à plus grande échelle, surtout en génétique et génomique de l’avoine, ce chapitre décrit la méthode par GS, analyse les utilisations actuelles du GS chez des espèces végétales, et souligne certaines applications du GS utilisées dans les travaux de recherche sur l’avoine. Nous discutons aussi de certaines questions liées à diverses applications du GS et présentons diverses perspectives des travaux de recherche par GS. Ces avancées techniques permettront d’améliorer le recours du GS dans les travaux de recherche en génétique et en génomique de l’avoine.
Résumé
Le génotypage par séquençage (GS) s’est révélé être une méthode génomique utile pour rechercher les variations génétiques qui ont lieu dans l’ensemble du génome, cartographier les associations dans l’ensemble du génome, et faire de la sélection de gènes. Il s’agit d’un processus à une étape combinant la recherche de marqueurs SNP et le génotypage par une réduction du génome à l’aide d’enzymes de restriction et appel de SNP avec ou sans génome séquencé. Cette méthode a l’avantage d’être rapide, à haut débit, rentable et peut s’appliquer aux organismes sans génome séquencé. On y recourt de plus en plus pour obtenir des données sur le génotype des SNP dans les études sur la génétique des plantes et la génomique. Pour faciliter une utilisation du GS à plus grande échelle, surtout en génétique de l’avoine et en génomique, nous décrivons une méthode de GS, examinons les utilisations actuelles de la GS chez des espèces végétales, et soulignons certaines applications de la GS dans des travaux de recherche sur l’avoine. Nous discutons aussi de problèmes liés à diverses applications de la GS et présentons diverses perspectives des travaux de recherche par GS. Les récentes avancées concernant les pipelines bio-informatiques menant à la découverte de SNP de grande qualité chez les cultures polyploïdes permettront d’améliorer l’utilisation de la GS en recherche sur la génétique et la génomique de l’avoine.