L’analyse moléculaire de trois nouveaux isolats du virus causant la marbrure foliaire du cerisier révèle une diversité génétique intra-espèce et inter-espèce du transfert génique
Citation
Su, L., Bhagwat, B., Bernardy, M., Wiersma, P.A., Cheng, Z., Xiang, Y. (2016). Molecular analysis of three new Cherry mottle leaf virus isolates reveals intra-species genetic diversity and inter-species gene transfer. Phytoparasitica, [online] 44(4), 571-574. http://dx.doi.org/10.1007/s12600-016-0548-8
Résumé en langage clair
Le virus de la marbrure foliaire du cerisier (VMFC) est un agent pathogène du cerisier des oiseaux, des cerisiers ornementaux en floraison, des pêchers et des abricotiers, qui a une incidence sur la qualité des fruits et leur quantité. Seuls deux isolats du virus ont fait l’objet de publications antérieures. Les progrès réalisés dans l’acquisition de connaissances sur les origines, la divergence par rapport à d’autres virus, l’évolution et la pathogénicité du virus ont été lents, en partie en raison de l’absence de nouveaux isolats de virus permettant des études comparatives. Dans la présente étude, nous publions les séquences du génome entier de trois nouveaux isolats du VMFC conservés dans la Collection de phytovirus du Canada. Les séquences du génome des isolats présentent des différences considérables entre eux. En outre, les données laissent croire qu’il y aurait eu un transfert de gènes entre les espèces de virus du genre Trichovirus, dont le VMFC. Ces résultats permettent de mieux connaitre la divergence et l’évolution du VMFC et d’autres trichovirus, ce qui devrait aider à mettre au point des méthodes de détection et à traiter les maladies virales.
Résumé
© Sa Majesté la Reine du chef du Canada, 2016. Le virus causant la marbrure foliaire du cerisier (VMFC) est un agent pathogène du cerisier des oiseaux et de plusieurs autres espèces végétales du genre Prunus, mais seuls deux isolats du virus ont été l’objet de publications antérieures. Dans la présente étude, nous avons séquencé le génome entier de trois isolats du VMFC qui ont été obtenus dans les années 1980. La taille de la protéine de l’enveloppe du VMFC a été estimée à environ 22 kDa par transfert Western et concorde avec la taille prévue selon les séquences du génome. Les trois isolats sont homologues dans une proportion de 78,4 % à 82,7 % au niveau de la séquence en nucléotides et dans une proportion de 78,7 % à 84,3 % par rapport aux deux autres isolats du VMFC SA1162-21 et 95CI215 dont on a fait état dans des publications. La grande divergence observée dans les séquences génomiques des isolats du VMFC concordait avec l’analyse de la phylogénie. Un possible transfert de gène entre le VMFC et d’autres espèces du genre Trichovirus a été révélé par des algorithmes RDP recherchant la recombinaison.