Complete genome of the broad-host-range Erwinia amylovora phage φEa21-4 and its relationship to Salmonella phage Felix O1

La première séquence du génome complet d’un bactériophage de la famille des Myoviridae, ΦEa21 4, infectant Erwinia amylovora, Erwinia pyrifoliae et Pantoea agglomerans a été déterminée. La séquence de ce génome à permutation circulaire et aux extrémités redondantes compte 84 576 pb. Ce génome, dont la teneur en GC est de 43,8 %, comprend 117 gènes qui codent des protéines putatives et 26 gènes d’ARNt. Le phage ΦEa21-4 est le premier chez lequel on a trouvé un codon de terminaison indépendant du facteur rho rigoureusement conservé et dont les 24 copies sont dispersées dans l’ensemble du génome. Il est aussi intéressant de noter la présence d’ARNt avec des boucles d’anticodons à six bases et à neuf bases, l’absence d’une petite sous unité de terminase d’encapsidation, ainsi que la présence du gène nadV, qui code une composante de la voie de récupération du NAD+, et qui n’a été trouvé que chez quelques phages. Le phage ΦEa21 4 est le premier dont le génome soit semblable à celui du phage Felix O1; 56 % des protéines putatives codées par le génome du phage ΦEa21 4 présentent une homologie à celles du phage de Salmonella. Mis à part cette similitude au phage Felix O1, le génome du bactériophage ΦEa21 4 semble essentiellement différent, tant globalement que localement, des séquences de bactériophages déjà publiées. Quarante trois des 117 gènes sont uniques aux phages ΦEa21 4, et 32 des gènes du ΦEa21 4 semblables à ceux du phage Felix O1 ne sont retrouvés dans aucun autre génome de bactériophage. Le séquençage de l’extrémité N terminale et l’analyse par spectrométrie de masse MALDI TOF a permis d’identifier, chez le phage ΦEa21 4, cinq gènes codant des protéines structurales, dont la principale protéine de la capside.