Comparison of ZetaPlus 60S and nitrocellulose membrane filters for the simultaneous concentration of F-RNA coliphages, porcine teschovirus and porcine adenovirus from river water

On se préoccupe de plus en plus de l’effet des activités agricoles sur la qualité de l’eau afin de mieux comprendre leur incidence sur la santé publique. Selon certains, les coliphages à ARN spécifiques du facteur F pourraient servir d’indicateurs viraux de la contamination fécale tandis que le teschovirus porcin (PTV) l’adénovirus porcin (PAdV) pourraient servir d’indicateurs de la contamination fécale d’origine porcine. Les quantités de virus et de coliphages présentes dans l’eau sont si faibles qu’il faut les concentrer pour pouvoir détecter leur présence. Il existe très peu de données sur l’efficacité des méthodes de concentration des coliphages à ARN F spécifiques par rapport aux méthodes de concentration d’autres virus. Dans cette étude, nous avons comparé 5 méthodes courantes publiées dans la littérature scientifique sur l’isolement de coliphages à ARN F spécifiques, du PTV et du PAdV à partir d’échantillons d’eau de rivière par filtration sur des membranes de nitrocellulose électronégatives (méthodes A et B) ou des filtres Zeta Plus 60S électropositifs (méthodes C–E). La méthode A est couramment utilisée pour la détection de coliphages (Méndez et coll., 2004) et la méthode C (Brassard et coll., 2005) est la méthode officielle de Santé Canada pour la détection des virus dans les eaux de source ou minérales embouteillées. Lorsque nous avons ensemencé des échantillons d’eau avec le coliphage à ARN F spécifique MS2, le PAdV ou le PTV à une concentration finale de 1 × 106 UFP/100 mL, 1 ×105 cg/100 mL et 3 × 105 cg/100 mL, respectivement, les taux de récupération étaient toujours plus élevés avec la méthode A : 52 % pour le MS2, 95 % pour le PAdV et 1,5 % pour le PTV. Comparativement à la méthode C, la méthode A a permis de détecter plus souvent les coliphages F spécifiques, les PAdV et les PTV dans les échantillons d’eau de rivière, et le nombre moyen de microorganismes détectés était plus élevé. Avec la méthode A, nous avons détecté des coliphages F spécifiques dans 11 échantillons sur 12 (5–154 UFP/100 mL), des PTV dans tous les échantillons (12/12; 397–10,951 cg/100 mL), des PAdV dans un échantillon sur 12 (15 cg/100 mL) et le coliphage à ARN F spécifique GIII dans un échantillon sur 12 (750 cg/100 mL). Les génotypes I, II et IV du coliphage à ARN F spécifique n’ont pas été détectés par qRT-PCR.