Comparison of a high-density genetic linkage map to genome features in the model grass Brachypodium distachyon

La petite graminée annuelle Brachypodium distachyon apparaît de plus en plus comme un système modèle pour l’étude des questions touchant spécifiquement les graminées. Plusieurs ressources concernant l’espèce ont été mises au point, dont la séquence de son génome, une technique de transformation hautement efficace et une vaste collection de germoplasmes. Nous avons dressé une carte de liaison du B. distachyon avec des marqueurs de polymorphisme mononucléotidique (SNP) et une population F₂ de 476 individus. Nous avons utilisé le séquençage ciblé des séquences génomiques à une seule copie pour identifier les SNP. La plateforme GoldenGate Genotyping d’Illumina nous a permis de placer 558 marqueurs dans cinq groupes de liaison correspondant aux cinq chromosomes du B. distachyon. Avec ses 1 598 centiMorgans (cM), la longueur inhabituelle de la carte génétique fait ressortir le taux de recombinaison élevé dans la population ayant servi à la cartographie. En comparant la carte génétique aux caractères génomiques, nous avons constaté une corrélation positive entre le taux de recombinaison et la densité génique, et une corrélation négative entre les régions répétées et les sites de fusion des chromosomes ancestraux. La comparaison des régions génomiques adjacentes à taux de recombinaison élevé par rapport à celles à faible taux de recombinaison a révélé une corrélation positive entre la synténie interspécifique et le taux de recombinaison.