Characterization of the Casein gene complex in West African goats and description of a new αs1-Casein polymorphism

Nous avons analyse les polymorphismes de la caséine dans des populations caprines de l’Afrique de l’Ouest : chèvre de Sokoto (n = 57), chèvre naine d’Afrique de l’Ouest du Nigéria (n = 27), chèvre naine d’Afrique de l’Ouest du Cameroun (n = 39) et chèvre Borno (n = 37). Nous avons analysé la séquence d’ADN de 4 gènes de la caséine : αs1‑caséine (CSN1S1), β (CSN2), αs2‑caséine (CSN1S2) et κ (CSN3). Aucun allèle nul n’a été trouvé pour les gènes analysés. Une analyse par réaction en chaîne par la polymérase – polymorphisme de conformation simple brin a servi à identifier l’allèle CSN1S1*F en même temps que les allèles A/01, B/E, N et que le nouvel allèle. Cet allèle se distinguait du CSN1S1*B par une transversion synonyme TCG→TCT dans le codon correspondant, dans la protéine mature, à l’acide aminé Ser66. Le nouvel allèle, appelé CSN1S1*B′, était très fréquent dans toutes les populations, sa fréquence allant de 0,295 (chèvre naine d’Afrique de l’Ouest du Cameroun) à 0,405 (chèvre Borno). Une fréquence plus élevée a été mesurée pour les allèles associés à une forte concentration d’αs1-caséine, ce qui avait déjà été observé chez des populations de chèvres de la région méditerranéenne. L’allèle E intermédiaire n’a été trouvé que chez la chèvre de Sokoto, à une faible fréquence. Quant à l’allèle F, très peu répandu, il a été trouvé dans 3 populations à des fréquences inférieures à 0,03. Un déséquilibre de liaison a été mis en évidence dans toutes les populations, et des différences significatives ont été observées chez les chèvres Borno et de Sokoto ainsi que chez la chèvre naine d’Afrique de l’Ouest du Nigéria; chez la chèvre naine d’Afrique de l’Ouest du Cameroun, les différences observées étaient significatives. La fréquence était ≥ 0,05 chez seulement 10 haplotypes dans au moins 1 des 4 populations, et la fréquence globale était > 0,1 seulement pour 4 haplotypes : BAAB, B′ACA, ACAB et BACA (suivant l’ordre CSN1S1-CSN2-CSN1S2-CSN3). L’haplotype BAAB, présumé être l’haplotype ancestral dans des travaux antérieurs, était le plus commun chez toutes les races, sauf chez la race Borno, l’haplotype B′ACA prédominant dans ce cas. Ces résultats revêtent une importance considérable, car on sait très peu de choses sur les chèvres d’Afrique. La fréquence élevée des allèles forts des caséines sensibles au calcium ainsi que le grand déséquilibre de liaison observé dans les gènes de caséine des races d’Afrique étudiées pourraient signifier que des haplotypes spécifiques à la caséine ont déjà été sélectionnés en raison de leurs avantages au point de vue nutritionnel. Les haplotypes produisant des teneurs accrues en protéines et en caséine auraient pour effet d’augmenter la teneur énergétique du lait, ce qui favoriserait la croissance et la survie des chevreaux et des êtres humains consommant le lait de ces races.