Dr. Attiq R Muhammad,Ph.D

Biologiste moléculaire : le microbiome et la résistance aux antibiotiques

Épidémiologie moléculaire de la résistance aux antimicrobiens et mise au point de solutions de rechange aux antibiotiques chez la volaille (Initiative de recherche et développement en génomique dans le domaine de la résistance aux antimicrobiens [IRDG-RAM])

Agriculture et Agroalimentaire Canada

93, chemin Stone Ouest

Recherche et / ou projets en cours

Initiative de recherche et développement en génomique dans le domaine de la RAM (IRDG-RAM)

Énoncés de recherches/projets

Lancement, planification, organisation et exécution d’activités de recherche conformément aux lignes directrices établies.
Conception et réalisation d’essais expérimentaux in vitro et in vivo et analyse des résultats.
Coordination d’un projet de recherche collaborative et multidisciplinaire (IRDG-RAM).
Découverte d’un nouveau gène de résistance à la fosfomycine, appelé fosA7.
Rédaction de manuscrits de recherche et de rapports approuvés par ses collègues.
Participation à la formation des étudiants et du personnel de recherche.

Activités professionnelles / intérêts

Microbiologie moléculaire, sous-typage d’agents pathogènes et épidémiologie génomique des pathogènes d’origine alimentaire, bioinformatique, séquençage de nouvelle génération (SNG), génomique bactérienne et métagénomique, pathogenèse microbienne, interactions hôte-pathogène, résistance aux antimicrobiens, phylogénie et évolution microbiennes, corrélation génotype-phénotype et apprentissage machine

Prix et études

Doctorat (Ph. D.) en biologie moléculaire et génétique

Département de la biologie moléculaire et cellulaire de l’Université de Guelph, Ontario, Canada

PRIX ET DISTINCTIONS

Gagnant (1re place) du concours de présentation par affiches lors du 13e Forum annuel de recherche sur la salubrité des aliments, ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation et des Affaires rurales de l’Ontario, Guelph (Ontario), Canada, 2015
Gagnant (1re place) du concours de présentation par affiches lors du 12e Forum annuel de recherche sur la salubrité des aliments, ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation et des Affaires rurales de l’Ontario, Guelph (Ontario), Canada, 2014
Bourse de recherche postdoctorale du Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada (CRSNG), 2012
Prix pour l’excellence en recherche du National Institutes of Health (NIH), États-Unis, 2011
Prix de participation lors de la réunion du groupe du programme sur la régulation cellulaire et le métabolisme, NICHD, 2011
Bourse interne de recherche postdoctorale du National Institutes of Health (NIH), États-Unis, 2009
Double récipiendaire de la bourse de déplacement de la Yeast Genetics Society of America, 2008 et 2010
Double récipiendaire de la bourse d’études supérieures de l’Ontario en science et technologie, 2006 et 2008
Bourse de déplacement pour la recherche Richard et Sophia Hungerford, Université de Guelph, 2007
Bourse d’études supérieures de l’Université de Guelph, 2006, 2007 et 2008
Bourse de recherche internationale Wood-Whelen pour le Japon, 2006
Conférencier-étudiant lors du mini symposium à l’Université de Guelph, 2006
Bourse de la Conférence nationale de la biotechnologie agricole, 2004
Bourse de formation à court terme de l’UNESCO, 2003
Bourse de l’Université des Nations Unies au Japon, 2002
Médaille d’or DR. J. H. Orbison pour distinction en sciences, Université du Punjab, Lahore, 1996

Expérience et / ou de travail international

National Institute of Child Health and Human Development (NICHD), National Institutes of Health (NIH), Maryland, États-Unis

Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Royaume-Uni
Tokyo Metropolitan Institute of Medical Sciences, Japon

Principales publications

1.Samuel Mohammed Chekabab Rehman MA, Xianhua Yin, Catherine Carrillo, Martin Mondor and Moussa S. Diarra (2019). Growth of Salmonella enterica Serovars Typhimurium and Enteritidis in Iron-Poor Media and in Meat: Role of Catecholate and Hydroxamate Siderophore Transporters. Journal of Food Protection: April 2019, Vol. 82, No. 4, pp. 548-560.

2.Rehman MA, Yin X, Zaheer R, Goji N, Amoako KK, McAllister T, Pritchard J, Topp E and Diarra MS (2018). Genotypes and Phenotypes of Enterococci Isolated From Broiler Chickens. Front. Sustain. Food Syst. 2:83. doi: 10.3389/fsufs.2018.00083.

3.Radford D, Strange P, Lepp D, Hernandez M, Rehman M.A., Diarra MS, Balamurugan S (2018) Genomic and Proteomic Analyses of Salmonella enterica Serovar Enteritidis Identifying Mechanisms of Induced de novo Tolerance to Ceftiofur. Frontiers in microbiology, 9:2123. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02123

4.Taggar, G., Rehman, M.A., Yin, X., Lepp, D., Ziebell, K., Handyside, P., Boerlin, P., and Diarra, M.S. (2018). Antimicrobial-Resistant E. coli from Surface Waters in Southwest Ontario Dairy Farms. Journal of Environmental Quality.doi:10.2134/jeq2018.04.0139

5.Rehman, M.A., Xianhua Yin, Lepp D, Ziebell K, Laing CR, Guylaine Talbot, Edward Topp and Diarra MS, 2017. Genomic Analysis of third generation cephalosporin resistant Escherichia coli from dairy cow manure. Vet. Sci. 2017, 4, 57. doi:10.3390/vetsci4040057.

6.Rehman, M.A., Xianhua Yin, Marissa Persaude and, Diarra MS, 2017. First Detection of a Fosfomycin Resistance Gene fosA7 in Salmonella enterica serovar Heidelberg Isolated from Broiler Chickens. Antimicrob. Agents Chemother. doi:10.1128/AAC.00410-17

7.Rehman, M.A., Carrillo C, Malouin F, Diarra MS, 2017. Draft Whole-Genome Sequences of Multidrug-Resistant Escherichia coli O157:H7 Strains Isolated from Feedlot Cattle Treated with Growth-Promoting Agents. Genome Announc. 2017 May 4;5(18). pii: e00284-17. doi: 10.1128/genomeA.00284-17.

8.Yoshida C, Brumwell SL, Lingohr EJ. Ahmad A, Blimkie TM, Kogan BA, Pilsworth J,

Rehman, M. A., Schleicher KL, Shanmugaraj J, Kropinski AM, Nash JHE, 2016. Draft Draft Whole-Genome Sequences of 25 Salmonella enterica Strains Representing 24 Serovars. American Society for Microbiology (ASM), Genome Announce. 2016 Mar 3;4(2). pii: e01718-15. doi: 10.1128/genomeA.01718-15.

9.Rehman, M. A., Labbé G, Ziebell K, Johnson RP, Nash JHE, 2015. Complete Genome and Plasmid Sequences of three Canadian Strains of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Enteritidis belonging to Phage Types 8, 13 and 13a. American Society for Microbiology (ASM), Genome Announce. 2015; 3(5)

10.Rehman, M. A., Ziebell K, Nash JHE, Kropinski AM, Ross A, Boerlin P, Chui L, Devenish J, Bekal S, Graham M, Amok KK, Johnson RP. 2014. High quality draft genome sequences of 162 Canadian strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis. Genome Announc. 2014; 2(2)

11.Rehman, M. A., Ziebell K, Nash JHE, Kropinski AM, Ross A, Al-Lami M, Boerlin P, Chui L, Devenish J, Bekal S, Graham M, Amok KK, Johnson RP. 2014. Complete genome sequences of 16 Canadian strains of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis. Genome Announc. 2014; 2(2)

12.Jeffery, Daniel; Wyse, Brandon; Rehman, M.A; Brown, Geoffrey; You, Zhiying; Oshidari, Roxanne; Masai, Hisao; Yankulov, Krassimir. Analysis of Epigenetic Stability and Conversions in S. cerevisiae reveals a Novel Role of CAF-I in Position-Effect Variegation. Nucleic Acids Res. 2013; 41(18): 8475-88

13.Power P, Jeffery D, Rehman M.A*, Chatterji A, Yankulov K. Sub-Telomeric core X and Y' Elements in S. cerevisiae Suppress Extreme Variations in Gene Silencing. Plos One. 2011 Mar 17; 6(3): e17523. (*Equal contribution)

14.Maria Espinosa, Rehman M.A*, and K.Yankulov. GCN5 functions as a positive regulator of replication origins in S. cerevisiae (PLoS One. 2010 Jan 29; 5(1): e8964. (*Equal contribution)

15.Rehman, M. A., and Yankulov K. The dual role of autonomously replicating sequences as origins of replication and as silencers. (Review article) Current Genetics 2009; 55 (4): 357-363

16.Rehman M. A., Dongliang Wang, Genevieve Fourel, Eric Gilson and Krassimir Yankulov. Sub-telomeric ACS-containing proto-silencers act as anti-silencers in replication factors mutants in S. cerevisiae Mol Biol Cell. 2009; 20 (2): 631-41.

17.Rehman, M. A., Genevieve Fourel, Amit Mathews, Danielle Ramdin, Maria Espinosa, Eric Gilson, and Krassimir Yankulov. Differential requirement of DNA replication factors for sub-telomeric ACS proto-silencers in S. cerevisiae. Genetics. 2006; 174 (4): 1801-10.