The use of microsatellite polymorphisms to characterise and compare genetic variability in Avena strigosa and A. barbata

Nous avons évalué le polymorphisme de 105 microsatellites génomiques chez 90 accessions d’Avena strigosa Schreb. diploïdes et d’Avena barbata Pott ex Link tétraploïdes provenant de la USDA-ARS National Small Grains Collection. Nous avons trouvé 11 microsatellites polymorphes, avec 69 allèles, que nous avons utilisés pour génotyper les 90 accessions étudiées, lesquelles avaient été choisies dans un ensemble de 385 accessions en fonction de la diversité de l’origine géographique et de la variabilité de leur réaction à 5 pathotypes australiens de l’agent de la rouille couronnée Puccinia coronata Corda f. sp. avenae Eriks. Nous avons identifié 16 clades, 8 diploïdes et 8 tétraploïdes, chez les 90 accessions retenues. Les accessions diploïdes étaient les moins diversifiées sur le plan génétique, toutes étant semblables dans une proportion d’au moins 86 %; ces accessions comprenaient des plantes provenant de pays des Amériques comme le Canada, les États-Unis, l’Argentine, l’Uruguay et le Brésil, ainsi que de pays européens comme la France, la Roumanie et la Pologne. Les 2 espèces constituaient des groupes distincts sur le dendrogramme, mais, quelques diploïdes présentaient de grandes similitudes avec des tétraploïdes, et vice versa. L’analyse de variance moléculaire a révélé que 86 % de la variation génétique totale s’expliquait par des différences intraspécifiques chez les 2 espèces d’avoine, les différences interspécifiques ne représentant que 14 % de la variation. L’indice d’hétérozygotie était de 0,32 et 0,40 pour les diploïdes et les tétraploïdes, respectivement. Ces travaux ont permis de différencier de manière effective A. strigosa et A. barbata et d’identifier 11 microsatellites pouvant servir à la caractérisation plus poussée d’accessions de ces deux espèces.