The Trichoderma harzianum demon: Complex speciation history resulting in coexistence of hypothetical biological species, recent agamospecies and numerous relict lineages

Contexte : Trichoderma harzianum (Hypocrea, Ascomycota, Hypocreales, Hypocreaceae) est un champignon mitosporique ubiquiste. Certaines souches de l’espèce sont exploitées commercialement pour la lutte biologique contre les champignons phytopathogènes. T. harzianum est un champignon anamorphe (ne se reproduisant que par voie asexuée) dont la phase téléomorphe (se reproduisant par voie sexuée) a été décrite sous le nom Hypocrea lixii. Vu l’importance d’une éventuelle recombinaison pour l’efficacité d’un agent de lutte biologique au champ, nous avons voulu examiner la structure phylogénique de l’espèce. Résultats : L’analyse de fragments d’ADN de trois locus non liés chez 93 souches provenant de différentes régions du monde a permis de dégager un processus complexe de spéciation révélant des espèces chevauchantes isolées sur le plan reproducteur, des espèces agames récentes et de nombreuses lignées reliques dont la position dans l’arborescence phylogénétique n’est pas résolue. Des analyses de concordance généalogique et de recombinaison ont confirmé l’existence de deux espèces agames génétiquement isolées, dont le T. harzianum sensu stricto, et de deux espèces hypothétiquement holomorphes apparentées à l’H. lixii mais différentes de celui-ci. Pour la majorité des souches, la position exacte dans l’arborescence phylogénétique n’a pas été résolue et est expliquée par un réseau diversifié de souches recombinantes appelé par convention « matrice pseudoharzianum ». Étant donné que l’H. lixii et le T. harzianum sont manifestement génétiquement séparés, la possibilité d’une combinaison du téléomorphe H. lixii et de l’anamorphe T. harzianum formant un holomorphe doit être rejetée en faveur de celle de deux espèces distinctes. Conclusions : Nos données révèlent un processus complexe de spéciation au sein du groupe H. lixii - T. harzianum reposant sur la coexistence et l’interaction d’organismes ayant évolué différemment mais entre lesquels il n’existe pas de frontières génétiques bien définies.