Single-Feature Polymorphism Mapping in Bread Wheat
Citation
Banks, T.W., Jordan, M.C., et Somers, D.J. (2009). « Single-Feature Polymorphism Mapping in Bread Wheat. », Plant Genome, 2(2), p. 167-178. doi : 10.3835/plantgenome2009.02.0009
Résumé
Les biopuces Affymetrix GeneChip génèrent des données d’hybridation de sondes qui peuvent servir à identifier les polymorphismes génétiques. Étant fondés sur des données d’expression génique, ces marqueurs SFP (Single-Feature Polymorphism) sont situés à l’intérieur de séquences génétiques ou leur sont étroitement associés. Les deux méthodes que nous avons utilisées pour identifier les marqueurs SFP nous ont respectivement permis de situer 1035 et 875 marqueurs SFP chez une population de 64 lignées dihaploïdes de Triticum aestivum L. qui étaient issues d’un croisement RL4452 × ‘AC Domain’ et présentaient une ségrégation des caractères. Les associations statistiques constatées entre les cartes des marqueurs SFP et le génome du riz (Oryza sativa L. ssp. japonica) étaient conformes aux blocs de synténie connus des céréales, et les données cartographiques étaient corroborées par la situation physique déjà établie de certains marqueurs EST (Expressed Sequence Tag) du blé. Cette démarche nous a permis d’identifier rapidement les marqueurs situés dans les régions géniques du génome complexe du blé hexaploïde.