Sequence polymorphisms and relationships of dimeric α-amylase inhibitor genes in the B genomes of Triticum and S genomes of Aegilops

Cent cinquante-neuf séquences encodant des inhibiteurs dimériques de l’α amylase ont été caractérisées chez le Triticum et l’Aegilops. Ces séquences comprenaient 375 nucléotides, dont 255 correspondaient à des sites conservés, 50 correspondaient à des sites variables uniques (polymorphisme nucléotidique observé uniquement dans un échantillon) et 70 correspondaient à des sites polymorphes (polymorphisme nucléotidique observé dans deux échantillons ou plus). La fréquence des SNP dans les génomes B (ou S) portant les gènes encodant les inhibiteurs de l’α amylase était de 1,7 sur 10 bases. Cinquante-neuf haplotypes ont été définis, parmi lesquels 4 principaux haplotypes se retrouvaient dans plus de 10 gènes et 36 haplotypes se retrouvaient dans un seul gène, ce qui indique que les inhibiteurs dimériques de l’α amylase pourraient provenir d’un nombre très limité de gènes ancestraux. Le réseau statistique phylogénétique (median-joining network) des 59 haplotypes adoptait nettement la forme d’une étoile et formait 5 groupes d’haplotypes et au moins 2 sous-groupes. Les distances d’évolution des 159 gènes ont été calculées et ont été utilisées pour construire un réseau statistique qui a montré que les gènes des inhibiteurs de l’α amylase se divisent en 5 groupes, et chaque groupe en au moins 2 sous-groupes. Le réseau statistique de l’espèce a indiqué que les gènes du blé tendre et du Triticum dicoccoides sont étroitement apparentés à ceux de l’Aegilops speltoides, ce qu’a corroboré d’ailleurs le réseau statistique obtenu pour les 59 haplotypes. Ces résultats ont révélé des données importantes sur les événements qui façonnent le génome et les processus qui interviennent aux locus des gènes encodant les inhibiteurs dimériques de l’α amylase et nous ont aidé à approfondir notre connaissance des aspects fonctionnels de ces gènes et des relations phylogénétiques entre les espèces.