Sample Collection Protocol Effects on Quantification of Gene Expression in Potato Leaf Tissue

De nouvelles plateformes permettent de mesurer l’expression génique dans le cadre d’expériences importantes répétées, mais les protocoles de prélèvement actuels de tissus végétaux au moyen de la congélation instantanée dans l’azote liquide constituent un obstacle à la réalisation de ces études à haut débit. Dans le cadre de la présente étude, nous avons comparé quatre méthodes de prélèvement applicables à l’extraction de l’ARN utilisé dans l’analyse de l’expression génique : 1) la méthode de prélèvement normale consistant à congeler instantanément des feuilles entières dans l’azote liquide immédiatement après les avoir prélevées sur la plante; 2) l’incubation pendant 2 minutes de disques foliaires excisés à la température ambiante suivie d’une congélation instantanée; 3) l’incubation pendant 1 heure de disques foliaires excisés sur glace suivie d’une congélation instantanée et 4) l’incubation pendant 1 heure de disques foliaires excisés à la température ambiante suivie d’une congélation instantanée. Nous avons effectué l’analyse de l’expression génique de 23 gènes par nCounter et avons normalisé les données à partir de la moyenne géométrique de cinq gènes constitutifs. Le protocole A a donné l’ARN de la meilleure qualité, et le protocole D, celui de la moins bonne qualité. Malgré certaines différences dans la qualité de l’ARN obtenu, les protocoles A, B et C n’ont pas donné une expression génique significativement différente pour aucun des 23 gènes. L’expression de certains gènes était significativement différente entre le protocole D et les autres protocoles. La présente étude montre que lors du prélèvement des disques foliaires pour l’analyse de l’expression génique, on peut augmenter le laps de temps entre le prélèvement des tissus de la plante et la congélation instantanée dans l’azote liquide. Ce laps de temps supplémentaire permet de faire des expériences importantes répétées au champ avec une plus grande souplesse et d’effectuer ainsi une analyse statistique des données d’expression génique.