Race structure and frequency of avirulence genes in the western Canadian Leptosphaeria maculans pathogen population, the causal agent of blackleg in brassica species

Le Leptosphaeria maculans est l’agent pathogène qui cause la jambe noire, une grave maladie touchant les cultures de canola et de colza dans l’ouest du Canada, en Australie et en Europe. Pendant des années, la résistance génétique et l’allongement des cycles de rotation des cultures ont offert un moyen de lutte efficace contre la maladie dans l’ouest du Canada, mais l’émergence de nouvelles races de l’agent pathogène a réduit l’efficacité des stratégies de lutte utilisées. L’objectif de la présente étude était d’analyser des isolats de L. maculans provenant de chaume de canola prélevé en 2010 et en 2011 dans des champs commerciaux de l’ouest du Canada afin d’y détecter la présence de gènes d’avirulence (Avr) et d’établir leur fréquence. Au total, nous avons analysé 674 isolats afin de détecter la présence des allèles AvrLm1, AvrLm2, AvrLm3, AvrLm4, AvrLm6, AvrLm7, AvrLm9, AvrLepR1, AvrLepR2 et AvrLmS à l’aide d’un ensemble de génotypes hôtes différents comportant des gènes de résistance connus ou par amplification PCR des allèles AvrLm1, AvrLm6 et AvrLm4–Lm7. Certains allèles étaient plus fréquents dans la population de l’agent pathogène, les allèles AvrLm6 et AvrLm7 étant présents dans plus de 85 % des isolats, alors que les allèles AvrLm3, AvrLm9 et AvrLepR2 étaient présents dans moins de 10 % des isolats. Nous avons identifié 55 races au total (combinaisons différentes d’allèles Avr), les deux plus communes étant AvrLm2–Lm4–Lm6–Lm7 et AvrLm2–Lm4–Lm6–Lm7–LmS. Nous avons détecté des races dont le nombre d’allèles Avr connus variait entre sept et seulement un. La pression sélective liée aux gènes de résistance propres aux races dont sont porteurs les cultivars de canola a probablement joué un rôle important dans le profil Avr actuel, qui pourrait également avoir contribué à l’augmentation récente du taux de jambe noire observée dans l’ouest du Canada.