Puce de génotypage SNP pour l’avoine hexaploïde
Citation
Tinker, N.A., Chao, S., Lazo, G.R., Oliver, R.E., Huang, Y.F., Poland, J.A., Jellen, E.N., Maughan, P.J., Kilian, A., Jackson, E.W. (2014). A SNP genotyping array for hexaploid oat. Plant Genome, [online] 7(3), http://dx.doi.org/10.3835/plantgenome2014.03.0010
Résumé en langage clair
Le polymorphisme mononucélotidique (SNP) consiste en une différence dans l’ADN causée par la substitution d’une seule molécule (nucléotide) du code génétique par une autre. Au fil du temps, de telles différences s’accumulent chez toutes les espèces par l’intermédiaire de mutations. La capacité de détecter et d’analyser les SNP est un élément essentiel de l’analyse génétique moderne. Dans cet article, nous décrivons la mise au point et l'essai du premier test de détection à haut débit pour la détection des SNP dans l'avoine. Notre test permet de détecter jusqu'à 6000 SNP simultanément dans une série d'échantillons d'avoine. Nous avons validé le test sur 1100 échantillons provenant de six populations de cartographie de l'avoine et de diverses variétés d'avoine. Nous présentons ici un compte rendu détaillé de l’élaboration du test et de l’annotation des gènes où les SNP ont été trouvés. Ce compte rendu pourrait également être utile aux chercheurs qui s’intéressent à d'autres espèces complexes semblables à l'avoine.
Résumé
© Crop Science Society of America. Reconnaissant la nécessité d'un ensemble fiable de SNP de référence pour l'avoine hexaploïde cultivée (Avena sativa L.), nous avons mis au pont un modèle de puce (BeadChip) 6000 (6K) contenant 257 modèles Infinium I et 5486 Infinium II correspondant à 5743 SNP. De ce nombre, 4975 ont donné de bons résultats après la fabrication de la puce. Ces SNP ont été découverts à partir d'une variété de pipelines bioinformatiques dans de l'ADN complémentaire (ADNc) et de l'ADN génomique provenant de 20 cultivars d'avoine diversifiés ou plus. La puce a été validée à l’aide de 1100 échantillons de six lignées recombinantes pures de populations de cartographie, et de divers ensembles de cultivars d'avoine et de lignées de sélection. Ces échantillons ont fourni environ 3500 polymorphismes mendéliens. Nous présentons ici une annotation de ces SNP, y compris les méthodes qui ont permis de les découvrir, d’identifier les gènes et leur orthologie, les caractéristiques génétiques de la population et les positions provisoires sur une carte de consensus de l'avoine. Nous évaluons également une nouvelle méthode d'appel des SNP fondée sur les groupes (clusters). Les séquences de SNP sont publiées, et la plateforme complète de génotypage des SNP peut être achetée d'un tiers indépendant.