Postinoculation protozoan establishment and association patterns of methanogenic archaea in the ovine rumen

Nous avons évalué les profils d’association entre les archées (archéobactéries) et les protozoaires du rumen à l’aide de banques d’ADNr 16S de clones provenant du rumen des ovins chez lesquels on avait inoculé différents protozoaires. Notre étude compte cinq types d’inoculants : 1) témoin négatif (sans protozoaires); 2) protozoaires holotriches et cellulolytiques; 3) Isotricha et Dasytricha; 4) Entodinium et 5) population mixte (type A). Nous avons utilisé l’électrophorèse en gradient dénaturant (DGGE), la PCR quantitative et l’analyse phylogénétique pour évaluer l’effet des inoculants utilisés sur les communautés d’archées. Les banques d’ADNr 16S ont également été évaluées dans le cadre de la surveillance des populations de protozoaires qui se sont établies à la suite de l’inoculation. L’analyse phylogénétique révèle que les clones d’archées associés au témoin négatif (sans protozoaires), aux Entodinium et à la population mixte (type A) font surtout partie des phylotypes non cultivés. P. multivesticulatum est l’espèce prédominante qui s’est établie après l’inoculation de protozoaires holotriches et cellulolytiques, une inoculation après laquelle on a observé surtout des clones d’archées associés aux phylotypes de méthanogènes cultivés et non cultivés (M. stadtmanae, M. ruminantium et M. bryantii). En outre, les inoculations d’Isotricha et de Dasytricha ont donné lieu à l’établissement de clones d’archées principalement associés à M. smithii. Cette étude constitue la première évaluation de l’influence des protozoaires sur les archées dans la communauté microbienne du rumen et ses résultats donnent à penser que différents phylotypes d’archées s’associent à des groupes spécifiques de protozoaires. Les profils d’association observés pourraient être liés à l’évolution des relations commensales et symbiotiques entre les archées et les protozoaires dans le rumen des ovins. Cette étude fait en outre ressortir la prévalence et l’importance potentielle d’un groupe relativement grand d’archées non cultivées dans le rumen des ovins, un groupe qu’on ne retrouve pas dans le rumen des bovins et qui n’a sans doute aucun lien de parenté avec les méthanogènes connus.