Molecular characterization and detection of recombinant isolates of potato virus Y from China

Bien que le virus Y de la pomme de terre (PVY) soit l’un des pathogènes de la pomme de terre ayant le plus d’incidences économiques en Chine, peu d’études ont tenté de caractériser le virus dans ce pays. Nous avons identifié pour la première fois, en Chine, deux types de PVY recombinants au moyen de la technique de génotypage basée sur la réaction en chaîne par polymérase après transcription inverse (RT PCR) mise au point précédemment. L’un de ces PVY ressemblait à la souche européenne (Eu) de la nécrose du tubercule de pomme de terre (Eu-PVYNTN) et possédait trois jonctions de recombinaison bien connues (JR 1-3) de la souche commune (PVYO) et de la souche Eu de la nécrose des nervures du tabac (Eu-PVYN). L’autre, par contre, ne semblait posséder que les jonctions JR1 et JR2. Nous avons par la suite séquencé le génome complet d’un isolat représentatif, PVY-HN2, du deuxième type. Une comparaison de la séquence de ‘HN2’ avec celles de PVYO et de Eu-PVYN a non seulement confirmé la nature recombinante de ‘HN2’, mais a également révélé l’existence de trois événements de recombinaison dans l’isolat, comme ce qu’on observe chez PVYNTN Hun. Toutefois, les deux isolats différaient de façon significative au niveau de la JR1 (2419 nt chez PVYNTN Hun contre 2521 nt chez HN2) et de la JR3 (9183 nt chez PVYNTN Hun contre 8572 nt chez HN2) et légèrement au niveau de la JR2 (5844 nt chez PVYNTN Hun contre 5867 nt chez HN2). Nous avons créé une paire d’amorces pour faciliter la détection de l’autre JR3. À l’aide des nouvelles amorces et de celles déjà préparées, nous avons détecté toutes les JR ciblées. Fait intéressant, les tests effectués sur les échantillons de PVY disponibles ont indiqué que deux d’entre eux contenaient les deux types de PVY recombinants, ce qui a confirmé l’efficacité de la détection. Une analyse plus poussée de ces échantillons à l’aide de la technique ELISA et d’une épreuve biologique a révélé que ‘HN2’ possède un sérotype PVYO, un pathotype PVYN chez le tabac et un pathotype PVYNTN chez la pomme de terre.