Maximum Gene-Support Tree.

Les génomes et les gènes se diversifient au cours de l’évolution, mais on ne sait pas exactement jusqu’à quel point les gènes conservent leur parenté d’une espèce à l’autre. Les espèces modèles utilisées dans le cadre des études phylogénétiques comprennent des levures et des virus dont les génomes ont été séquencés, ainsi que des végétaux dont les arbres phylogénétiques vrais sont étayés par des fossiles. Dans la présente étude, nous avons généré des arbres phylogénétiques à partir d’un seul gène pour sept espèces de levure et neuf espèces de baculovirus à l’aide de tous les gènes orthologues chez les espèces comparées. Les gènes homologues de sept végétaux connus ont été utilisés pour valider les résultats. Nous avons utilisé quatre algorithmes : le maximum de parcimonie, le minimum d’évolution, le maximum de vraisemblance et le neighbor joining . Nous avons reconstruit les arbres avant et après pondération des longueurs des séquences d’ADN et de protéines correspondant aux gènes. On obtenait rarement l’arbre « vrai » à partir d’un gène au moyen des quatre algorithmes. Toutefois, l’arbre le plus fréquent, appelé « arbre étayé par le maximum de gènes », et son pendant pondéré, chez les levures, les baculovirus ou les végétaux se révélait toujours être l’arbre « vrai » chez les espèces. Les résultats nous font mieux saisir le degré de divergence dans l’ensemble entre les gènes orthologues des génomes analysés et indiquent que : 1) la parenté entre les arbres vrais des espèces étudiées est toujours assurée par le groupe le plus important de gènes orthologues; 2) il y a habituellement un plus grand nombre de gènes orthologues présentant davantage de similitudes entre des espèces génétiquement voisines qu’entre des espèces génétiquement distantes et 3) l’arbre étayé par le maximum de gènes reflète la parenté phylogénétique entre les espèces comparées.