Les isolats du virus des nervures lisérées du fraisier présents dans l’est du Canada ont une structure moléculaire différente des autres isolats
Citation
Dickison V, Mackenzie TDB, Singh M, Laurence J, and Nie X. 2017. Strawberry vein banding virus isolates in eastern Canada are molecularly divergent from other isolates. Arch. Virol. 162:1777–1781 DOI: 10.1007/s00705-017-3252-1.
Résumé en langage clair
La présente étude a porté sur une souche précise du virus des nervures lisérées du fraisier (SVBV) provenant de la NouvelleÉcosse. La souche, ou « l’isolat », a été désignée NS8. Elle est le plus étroitement apparentée (97 %) à l’isolat chinois du SVBV et le moins apparentée (88 %) au clone pSVBVE3. L’analyse de la similarité de ces isolats révèle que la structure moléculaire du SVBV est plus variée et présente des séquences génétiques plus diversifiées que ce qui avait été décrit précédemment.
Résumé
La séquence complète d’un isolat du virus des nervures lisérées du fraisier (SVBV) recueilli en Nouvelle Écosse, au Canada, et désigné NS8, a été déterminée. Le génome d’ADN bicaténaire circulaire, qui compte 7856 nucléotides, comprend sept cadres de lecture ouverts (ORF), ce qui concorde avec les autres isolats du SVBV et les autres membres du genre Caulimovirus. La comparaison du NS8 avec d’autres séquences génomiques complètes tirées de bases de données révèle que NS8 présente la similarité de séquence la plus élevée (96,5 % d’homologie) avec un isolat chinois (numéro d’enregistrement HE681085) et la plus faible (88,3 % d’homologie) avec le clone pSVBV E3 (numéro d’enregistrement X97304). Malgré la grande similarité globale entre NS8 et l’isolat chinois, l’ORF IV codant la protéine de l’enveloppe du NS8 présente une homologie de séquence de seulement 90,9 % avec cet isolat. L’analyse phylogénétique du génome complet a placé NS8 ainsi que tous les isolats chinois dans un même clade, et le clone pSVBV E3 dans un clade distinct. Fait intéressant, l’analyse phylogénétique de toutes les séquences d’ORF IV, y compris celles tirées des bases de données et des échantillons canadiens récemment séquencés dans le cadre cette étude, a révélé trois clades distincts. Tous les isolats canadiens ont été regroupés dans un clade, pSVBV E3 et de nombreux isolats provenant d’Europe, d’Égypte et des États-Unis ont été réunis dans un deuxième clade et les isolats chinois ont constitué un troisième clade. Ces résultats démontrent que la structure moléculaire du SVBV est plus variée que ce qui avait été décrit précédemment.