Genome-wide delineation of natural variation for pod shatter resistance in Brassica napus

Dans le monde entier, la résistance à l’égrenage est un caractère ciblé par les programmes d’amélioration du colza (canola, Brassica napus L.), qui souhaitent ainsi réduire les pertes de grain survenant alors que les plantes sont encore sur pied ainsi que durant la mise en andain et la récolte mécanique. Nous décrivons ici les fondements génétiques de la variation naturelle de la résistance à l’égrenage chez le B. napus et montrons que ce caractère est déterminé par plusieurs locus quantitatifs (QTL). Pour identifier les QTL responsables de la résistance à l’égrenage, nous avons utilisé une nouvelle approche de génotypage par séquençage DArT-Seq. L’analyse des QTL a permis de déceler 12 QTL significatifs, situés sur les chromosomes A03, A07, A09, C03, C04, C06 et C08; combinés, ces QTL étaient responsables d’environ 57 % de la variation génotypique de la résistance à l’égrenage. Nous avons mené des études d’association sur le génome entier, qui ont montré qu’un grand nombre de locus, notamment ceux qui interviennent dans l’égrenage chez l’Arabidopsis, sont responsables de la variation de la résistance à l’égrenage chez du matériel génétique de B. napus diversifié. Nos résultats montrent que la diversité génétique associée à la résistance à l’égrenage est limitée chez le B. napus; plusieurs des gènes qui peuvent déterminer ce caractère n’étaient pas présents chez l’espèce au moment de son apparition à l’état naturel, ou ils n’ont pas été maintenus durant les processus de domestication et de sélection. Nous pensons que le B. napus a perdu une partie de la précieuse diversité génétique associée à ce caractère dès son apparition. Ainsi, pour améliorer la résistance à l’égrenage, les sélectionneurs devront compter sur l’introduction d’allèles utiles provenant principalement de génotypes d’autres espèces apparentées du genre Brassica, notamment les allèles que nous avons identifiés.